Počátky osídlení oblasti okolo dnešního Bílého Kostela spadají pravděpodobně až do 8. či 9. století. V této době do zdejšího kraje přišel slovanský kmen Milčanů. Zabýval se tu zemědělstvím, chovem skotu, hrnčířstvím a dalšími řemesly, svá sídla zakládal uprostřed nepropustných pralesů.
Ve 13. století čeští králové z rodu Přemyslovců do tohoto řídce osídleného kraje pozvali německé osadníky. Tito noví osadníci pak svým sídlům vtiskli charakteristický podlouhlý tvar, jak je dodnes patrné i na Bílém Kostele. Úřední název obce byl v této době Alba Ecclesia, tedy Bílý Kostel; lidé však vesnici nazývali Heinrichsdorf, což znamená Jindřichov, a jméno se pojilo k panovníkovi Jindřichu z Donína, který vládl na Grabštejně a roku 1347 postavil strážný hrad Rajmond.
Postupem času se tento název měnil: Heinersdorf, Hennesdorf, Henrici Villa, až Weysskirch a Weisskirchen. Bílý Kostel náležel ke grabštejnskému panství po šest století. Mezi německými obyvateli obce byli vedle zemědělců a řemeslníků také horníci, kteří začali v okolních kopcích dobývat železnou, měděnou a stříbrnou rudu a olovo, s velkým rozvojem kolem roku 1470. Ve vsi stávala i huť na tavení vytěžené rudy; horníci dostali roku 1584 zvláštní privilegia (horní svobodu).
Bílý Kostel prožíval období změn a tragédií: husitské války 1428-1434 po sobě zanechaly ves obsazenou i vypleněnou. Na přelomu 15. a 16. století bylo okolí sužováno loupeživými bandami a hrad Rajmond se stal jejich útočištěm. Mikuláš II. z Donína v roce 1512 dal zbytky bývalého strážního hradu zbourat a obyvatelé obdrželi výhody pro vlastní potřebu. V polovině 16. století grabštejnské panství změnilo majitele; Jiří Mehl ze Střelic podporoval rozvoj hornictví a přestavěl Grabštejn z pevnosti na renesanční zámek. S tím souviselo i zvyšování povinností poddaných, což vyústilo roku 1566 v selské povstání.
Průběh 30leté války znamenal pro ves výraznou katastrofu: v letech 1618-1648 byla ves mnohokrát vydrancována. Mor a války zdecimovaly obyvatelstvo; epidemie moru v roce 1640 zabila více než polovinu obyvatel. V roce 1645 dále vyloupili Švédové a drancovalo vojsko okolí. Po válce nastala v Polovině 17. století rekatolizace; evangelický charakter kraje byl nahrazen katolickým prostředím. K snadnějšímu osídlení došlo až po roce 1680, kdy selské povstání bylo potlačeno a věži kostela byla přistavěna kamenná věž roku 1679 a v roce 1732 přestavěna v barokním slohu.
V 18. století se život uklidnil a nastaly lepší časy, avšak doba nebyla bez dalších ran: slezské války ve 2. polovině 18. století, kdy Prusové ve dvou vlnách opět pustošili kraj (1741, 1744). V roce 1771 Marií Terezií zavedení číslování domů (112 popisných čísel). Založena osada Pekařka (1711). V 70. letech 18. století se ve kraji začala pěstovat brambora. Poslední pokus o obnovení těžby rud byl zaznamenán v roce 1793 a průzkum starých štol byl neúspěšný; v okolí obce se těžil vápenec.
Na přelomu 19. století přinesly evropské změny industrializaci: v roce 1836 byla postavena první textilní továrna, v roce 1842 byl postaven dřevěný most přes Nisu a v roce 1848 vznikla Národní garda; v roce 1850 byl obcím umožněn vznik samostatných správních jednotek. V roce 1859 byl uveden provoz na nově vybudované železnici a v roce 1864 byla zavedena funkce ponocného pro ochranu majetku. V roce 1868 vznikl hasičský sbor, v roce 1870 poštovní úřad, a v roce 1894 byla otevřena nová školní budova; rok 1899 zavedl desetihodinové pracovní směny ve zdejších továrnách. V roce 1902 byl zaveden telegraf a telefon, v roce 1905 shořel hostinec Rozkoš. V roce 1910 bylo v Bílém Kostele 110 koní, 746 krav, 155 koz, 301 prasat, 1532 slepic a 111 úlů včel.
Rok 1914 uvádí první světovou válku, která zasáhla i tuto obec. Lidé trpěli nedostatkem potravin, dovozů a zboží; v roce 1916 byl roztaven zvon z kostelní věže a muži odcházeli na fronty. Z vítězství a porážek se rodilo napětí a pád pro německé obyvatele v pohraničí. Po vzniku Československa v roce 1918 se část německých obyvatel rozhodla pro autonomní Deutsch-Böhmen, než se situace uklidnila po obsazení československou armádou. V roce 1926 byl dokončen betonový most přes Nisu a roku 1928 vznikla česká menšinová škola a mateřská škola v přízemí nové školní budovy.
Roku 1931 byl v obci zřízen Svaz Němců v Čechách a roku 1932 vybudován vodovod. Třicátá léta znamenala zhoršení sociální situace: vysoké nezaměstnanosti a epidemie záškrtu; v roce 1934 bylo vybudováno koupaliště a sportovní hřiště. Po nástupu nacistického režimu byla obec nucena přijmout řadu opatření - stanné právo, odstavená doprava, zbrojnice a mobilizace obyvatel. Bílý Kostel byl zasnoubený s Hitlerovým režimem; v září 1938 bylo vyhlášeno stanné právo a po Mnichovu připadlo Sudetsko Velkoněmecké říši. V listopadu 1938 bylo jen a jen vyhlášeno připojení k Německu.
Válka znamenala opět utrpení: muži odcházeli na frontu, potraviny a zboží byly během války opět nedostatkové a lidé žili s omezeními. V roce 1945 dorazila Rudá armáda a krátce poté Revoluční gard. Po válce se do Bílého Kostela začali vracet čeští obyvatelé a noví obyvatelé přicházeli z různých oblastí. V obci vznikly tři roty volkssturmu a lidé připravovali obranu, avšak 8. května 1945 nastala kapitulace Německa a ves mělo za sebou rychlý řetěz vyžádané změny. Zhruba v tomto období došlo k masovým přesunům obyvatel a k nástupu nových soužití v regionu.
V letech po válce se život v obci pomalu vracel do normálu a v jednotlivých obdobích bylo třeba řešit problémy s obnovou a modernizací. Dnes je Bílý Kostel nad Nisou malebnou vesnicí v severních Čechách, která spojuje bohaté dědictví s možnostmi pro turistiku v okolních horách Ještěd a Kozákov, což přispívá k její informativní a přírodní atraktivitě.
Také návštěvníci oceňují textilní tradice, historické památky a rekreaci v okolí řeky Nisy a lesních porostů.