Chrám Sv. Mikuláše patří k nejstarším na Starém Městě pražském a v pramenech je poprvé zmiňován již k roku 1273 ve spojení s povodněmi a tehdejší farní jistotou. V jeho původní éře působili významní kazatelé jako Jan Milíč z Kroměříže a Matěj z Janova, kteří formovali husitskou a reformativní atmosféru města.
Ve 14. století byl kostel goticky rozšířen a v 16. století se postupně měnil z katolického areálu na různá nábožensko‑společenská centra. V roce 1635 získali gotickou baziliku benediktini z Emauzského kláštera Na Slovanech, kteří k ní přistavěli klášter a začali postupně kupovat přilehlé domy.
Po rozsáhlých úvahách o obnově byl rozhodnut zbourat starý kostel a vybudovat nový; stavební práce započaly v roce 1732 a v roce 1737 byl nový chrám vysvěcen. Autorem projektu byl slavný pražský barokní architekt Kilian Ignác Dientzenhofer; hlavní průčelí původně směřovalo do malého náměstí zvaného „kurný trh“ a byl obestavěn dalšími budovami, dnes již zbořenými.
V průběhu času vznikl ze Staroměstského náměstí unikátní prostor, kdy kostel se stal součástí obvodové zástavby a obrací se šikmo do náměstí s hlavní jižní fasádou, zdůrazněnou nárožními věžemi a kopulí. V historických obdobích byl kostel i různě využíván, například po zrušení kláštera v roce 1787 byl používán jako skladiště a později jako koncertní síň.
Počátek 20. století přinesl změny v náboženské scéně: od roku 1920 je chrám v majetku Církve československé husitské, která jej dodnes spravuje, a vysoce akcentuje jeho původní účel jako místo bohoslužeb i kulturních akcí. Interiéry kostela zdobí nadčasové fresky a bohatá výzdoba, které spolu s kopulí a oltářem vytvářejí charakteristický barokní prožitek.
Interiér chrámu je výrazně dynamícký a světelný, s nástropními freskami Kosmy Damiána Asama z let 1735-1736, které zobrazují životy světců sv. Mikuláše a sv. Benedikta a motivy ze Starého zákona. Hlavní oltář vznikl z mramorových sloupů s doplněním svatostánku v novobarokním stylu a oltářním obrazem sv. Mikuláše z Myry od Karla Špillara (rok 1917). Zvonová a lustrová výzdoba pochází z konce 19. století a byla darována ruskou pravoslavnou církví.
Architektonické a sochařské prvky přispívají k jedinečné atmosféře: kopule nad středem řeckého kříže s freskami a plastikami od Antonína Brauna, který převzal dílnu po svém strýci Matyáši Braunovi. Klenby a oltáře vynikají bohatě zdobenými detaily, které dotváří baroko v plném rozsahu.
V první polovině 18. století bylo nutné řešit i urbanistické souvislosti. Mimo hlavního průčelí, které dnes stojí v městském prostoru Starého Města, se původně nacházel dřívější dům a prelatura, a v souvislosti s asanací došlo k odhalení bočních fasád chrámu. Po několika stavebních úpravách byl kostel propojen s novým uličním prostranstvím a pařížskou třídou.
Historie kostela je bohatá na změny majitelů a účelů. Kostel byl několikrát ve svém vývoji ponechán různým náboženským říším: v 18. století byl katolickým chrámem vojenské posádky, v 19. století pak sloužil pravoslavné církvi, a v roce 1920 nastala etapa husitská s památní deskou v interiéru.
Současná panorama chrámu je určena jak pro světové hudební události, tak pro duchovní rozjímání. V chrámu se po většinu roku konají koncerty renesanční, barokní a klasické hudby; v průčelí i uvnitř je zachována bohatá akustika a prostorová dynamika, která přitahuje hudebníky z předních českých orchestrů.
Interiér a vybavení chrámu prošly v průběhu staletí mnoha změnami; některé oltáře a obrazy byly rozprodány během období znesvěcení kláštera, ale kostel dodnes uchovává bohatou historii a svědčí o dávné duchovní věrnosti města. Zdivo a výzdoba také vypráví o měšťanské důstojnosti a o tom, jak se v průběhu věků utvářelo místo, kde lidé nacházeli nejen duchovní útěchu, ale i veřejný a kulturní prostor.
V současnosti je kostel chráněn jako významná památka a nadále slouží jako centrum hudby a duchovní kultury, kde se střetává minulost s přítomností a kde se můžeme zastavit a vzpomenout na generace, které chrám utvářely a udržují jeho odkaz živým.
