Opatský chrám sv. Petra a Pavla stojí na místě původního románského chrámu, jehož jednou zachovanou památkou byla hlavice sloupu uložená v klášterním muzeu. Stavba nového chrámu začala na jaře 1722 a byla dokončena s vysvěcením 7. června 1739 knížetem-biskupem olomouckým Jakubem Arnoštem z Lichtenštejna. Působí monumentálně, s průčelím, jejž vévodí štíhlé věže dosahující výšky 65 metrů, dnes už jen vzpomínané.
Současná úprava věží je provizoriem z roku 1942; při opravě kláštera se věže s lešením i zřítily vlivem bouře a větru. Ve výklencích na průčelí chrámu stojí sochy sv. biskupa Vojtěcha a sv. poustevníka Vintíře (Günthera); sochy zhotovil v polovině 18. století brněnský sochař J. Štít. Nad průčelím dominuje rozměrná mozaika Neposkvrněného početí Panny Marie o rozměru 5,5 x 3,5 m, vytvořená podle obrazu prof. Kleina a návrhu sochaře Bernarda O. Seelinga z Prahy (1895).
Portál chrámu je tvořen skupinami korintských sloupů a vede na kostelní kůr; nad balkonem je kamenný dvojitý znak rajhradského kláštera. Vnitřek chrámu je prostorný, jednolodní s dostatečným světlem vyžarovaným vysoko položenými okny. Podle architekta Prokopa měří chrám na délku 79,5 m, z toho loď tvoří 40 m; chrámová loď se postupně mění do dvou elipsovitých vydutin, mění se i šířka, která je od 9,5 m až do 16,5 m.
Klenba chrámové lodi je zaklenuta do čtyř kopulí, jejichž výška přesahuje 30 m. Kamenické práce v kostele zahrnují pískovec boskovský, mramor bohoničtější a poličský kámen; chrámová loď je plotnami kelheimskými. Železné prvky se zpracovávaly v klášterních dílnách pod dozorem Fr. Günthera Sperla; sklářské práce prováděly žďárské hutě. Fresková výzdoba kopulí zahrnuje oslavu benediktinského řádu a jeho rozšíření ve světě, zatímco fresky nad kůrem vyjadřují oslavu Boží zpěvností a hudebním uměním.
Novou fresku v kopuli presbytáře namaloval Josef Winterhalter z Brna (1776). Řezbářské práce na kůru a kamenné vázy pocházejí z dílny ditrichštejnského dvorního sochaře Ignáce Lengelachera; úpravu nynějšího kostelního kůru s balustrádou navrhl roku 1896 architekt V. Dvořák. Hlavní oltář je mramorový s dvěma anděly, soškami sv. Cyrila a Metoděje a s baldachýnem nad tabernáklem; socha Božského Srdce Páně pochází z dílny Ignáce Bergmanna z Rajhradu. Po obou stranách svatostánku jsou plechové obrazy znázorňující založení montekasinského kláštera sv. Benediktem a uvedení benediktinů do kláštera břevnovského sv. Vojtěchem.
V chrámové lodi je osm bočních oltářů; většina soch těchto oltářů je od brněnského řezbáře Ondřeje Schweigla, některé sochy na zadních oltářích jsou od B. Edeleho z Brna. Oltáře sledují řadu světců: sv. Ondřej s obrazem od Matyáše Šťastného, sv. Judy Tadeáše a sv. Benedikta s obrazem Smrti sv. Benedikta od Josefa Führicha; v rakvi jsou ostatky svatého Defenedta. Oltář sv. Jana Nepomuckého má sochy sv. Prokopa a sv. Vojtěcha od Schweigla; oltář Rodiny s obrazem Winterhaltera má sochy sv. Dalmě a sv. Z od Edeleho; v sakristii a prelatuře najdeme řadu dalších soch a maleb od různých mistrů.
Vedle hlavního chrámu se nachází mariánská kaple z let 1748-1749, jejíž současná úprava vznikla převážně v roce 1881 a dílem Ignáce Bergmanna. Tato socha Matky Boží Rajhradské je považována za tradiční titul; podle tradice stávala na hlavním oltáři již od roku 1270. Před vchodem do mariánské kaple stojí socha knížete Břetislava od Emanuela Maxe, která byla původně určena pro Veithův Slavín, avšak koupě nebyla realizována.
Apropó, pod kostelem se nacházejí dvě krypty se zazděnými vchody v presbytáři a pod kůrem, do kterých se až do josefínských dob pohřbívalo; po tomto období se řeholníci pohřbívají na farním hřbitově. Blíže oltáře sv. Rodiny je vsazen do zdi náhrobní kámen Jiřího Jakuba z Ogilvy, obhájce Špilberku; do kostela byl pohřben roku 1661. Zajímavou vazbou na kostel je obrovské množství materiálu a složitost konstrukcí: bylo spotřebováno více než 430 dubových kmenů, koupených v roce 1728 v lesích panství Veverského.
Presbytář je přiléhavý k oratoři s oltářem sv. Benedikta; Santini a probošt Rajhradu spolu s dalšími architekty se pokusili o komplex Santiniho návrh klášterního komplexu. V souvislosti s projektem novostavby kostela sv. Petra a Pavla v Rajhradu Santini zpracoval návrh konventu a proboštství; vlastní plány a půdorys jsou dochovány ve státní knihovně v Bamberku. Dvě varianty půdorysu konventu ukazují rozdíly ve velikosti areálu; probošství mělo být trojkřídlé. Zatímco novostavba chrámu proběhla podle Santiniho plánů, realizace ostatních částí se protáhla a nakonec došlo k odchýlení od Santiniho návrhů.
Proboštství Rajhrad vzniklo na místě původního břevnovského proboštství ze 11. století; v 18. století došlo k rekonstrukci a baroknímu kostelu podle Santiniho. V roce 1717 byla vystavěna nová sýpka, která sloužila jako „železná rezerva“ pro celé panství rajhradských benediktinů; sýpka byla postavena podle Santiniho plánů a sloužila od roku 1718. V roku 1765-1766 proběhla přestavba kostela Povýšení sv. Kříže v Rajhradě podle Santiniho a jeho dílo naznačuje, že kostel byl navržen na půdorysu řeckého kříže s výrazně prodlouženým východním ramenem a se třemi páry oken v průčelí.
Přesná představa pro návštěvníky: prohlídka kláštera Rajhrad nabízí mimo bohoslužeb i muzejní expozice, zahrnující restaurovanou historickou knihovnu s více než 65.000 historickými svazky a expozice v prelatuře s novými sály a lapidáriem. V nově upravených prostorách prelatury se kromě restaurování věnují i ukázkám moderních řemesel a historickému vojenskému eráru; návštěvníci mohou nahlédnout do stylizované klášterní zahrady a do dobové kuchyně. K bohaté historii patří vznik vinic v Rajhradě v roce 1465, symbol vinařství v znaku a pečeti z roku 1554 a rozvoj chmelařství v 14. století; v polovině 14. století se v klášteře vaří pivo, což bylo tehdy výsadou měst.
Opatský chrám a klášter Rajhrad u Brna představují významný kulturní a historický komplex, který na Moravě patří k nejstarším a nejznámějším klášterům. Podle Santiniho návrhů vznikl komplex s bohatou výzdobou, freskami a řadou soch, které dotvářejí barokní atmosféru této historické památky.
