Stavovským povstáním začala třicetiletá válka která svým trváním po celá desetiletí a svou krutostí vytvořila z kvetoucích měst a vesnic poloviční nebo úplné ruiny. Nejhůře na tom byla taková místa, která ležela na strategicky důležitých cestách, jak tomu bylo u Velkých Němčic. Snad se městečka dotkl již počátek neklidné éry, kdy v roce 1619 táhl Podyjím generál Dampierre, jehož pochod byl zastaven na Petrově louce mezi Strachotínem a Dolními Věstonicemi, kde došlo k první bitvě v předvečer třicetileté války, v níž se střetl se stavovským vojskem, které mělo opěrný tábor u Nových Mlýnů.
Brzy na to pak vojska sedmihradského knížete Bethlena Gábora, spěchající na pomoc moravským stavům, pronikla jihovýchodní Moravou k Brnu; například 2. listopadu 1621 část těchto vojsk žádala velké výkupné v nedalekých Hustopečích. I Velkými Němčicemi procházela vojska, četné soldatesky, ať od Brna směrem na jih nebo na východ, či opačným směrem. Vždyť 4. ledna 1621 vojska Bethlena Gábora porazila císařská vojska mezi Němčicemi a Hustopečemi, při čemž bylo městečko vypáleno.
O dvě léta později, v r. 1623, byly vesnice i zámek s kostelem zpustošeny a navíc bylo 50 osob odvedeno do zajetí. Při takových vpádech nešlo jen o zpustošení, ale obyvatelé městečka byli nuceni i k odvodu žoldu, museli dávat naturálie, zejména chléb, maso a víno pro vojáky, seno pro koně a dobytek k rekvíraci. Byla to léta mimořádného vydírání, odvádění výpalného, léta utrpení a zkoušek. Poddaní byli nuceni k přípřežním robotám, z nichž se vraceli po několika týdnech nebo i měsících, nebo se také nevrátili vůbec. Válku také provázely zhoubné mory.
Období těchto zkoušek trvalo ve větší či menší míře po celá dvacátá léta, až teprve ve třicátých letech se válka přesunula do vzdálenějších končin.V důsledku zkoušek a utrpení zůstala mnohdy neobdělána pole, stejně i vinohrady, vzrůstal hlad, nebo se zvětšovala drahota. Z té doby máme v Hustopečích zaznamenáno, že libra hovězího masa stála 24 kr., máz vina 36 kr., uherský vůl se dokonce prodával za 350 zl.
N Ani třícátá léta nebyla obdobím úplného klidu, i když se vojenské zápolení přeneslo do celé střední a severní Evropy. I tehdy obíraly procházející vojenské soldatesky venkovany, plenily a vypalovaly jejich majetky. Sotva válečná litice minula, dávali si vesničané svá hospodářství do pořádku, nebo vrchnosti na nich vymáhali naturální dávky a platy nejen pro sebe, ale i pro vojenský erár.
Nejhůře se obyvatelům ve Velkých Němčicích dařilo na konci třicetileté války, ve čtyřicátých letech, kdy švédská vojska po bitvě u Jankova dne 6. března 1645 zaplavila Moravu. Švédský velitel generál Torstenson si zřídil svůj hlavní stan u Židlochovic a zdejší zámek byl obsazen švédským vojskem. Švédská vojska neušetřila ani Velké Němčice, a jejich vojáci řádili v městečku i v celém okolí. Pohroma neskončila ani v okamžiku, kdy vojska odtáhla, neboť přišly další nové útrapy v podobě moru, který v městečku skosil značnou část obyvatelstva.
Ačkoliv nemáme přímou zprávu o řádění podzimního vpádu Švédů r. 1645, z té doby vyplývá, že tehdy "Nosislavský mlýn" nebo "Trkmanec" s osmi složeními vyhořel a nebyl poté již vystavěn. Materiálu se použilo na přestavbu nosislavského kostela. Zhoubnost švédského řádění lze doložit i tím, že vrchost za 19 let po skončení třicetileté války přiznala, že v městečku je více než třetina pustých domů. V období neustálých nájezdů byl zdejší kostel spálen a pobořen. Zpustnuti městečka není však možné připisovat jen válečným nepokojům, ale i odchod obyvatelstva, které pro své evangelické přesvědčení či habánskou profesi utíkalo po zahájení protireformace v roce 1624 a zejména po vydání Obnoveného zřízení zemského v roce 1627 na Slovensko, kde mohlo požívat dosavadní náboženské svobody.
Řádění vojsk působilo na městečko mnohem zhoubněji i z toho důvodu, že po prohrané bitvě na Bílé hoře byly Velké Němčice zkonfiskovány dosavadnímu držiteli Janu Jakubovi z Thurnu jako zpupný statek, odhadnutý na 90 000 zl. a propadlý císaři, jenž jej v roce 1626 odprodal Štěpánu Schmidtoví z Freíhoffenu. Tento nový držitel ihned postoupil sousední Popice Františku, kardinálu z Ditrichštejna, čímž se Popice staly součástí mikulovského panství, kdežto samotné městečko Velké Němčice přenechat v roce 1627 Šimonu Kratzerovi ze Schonsperka. Jemu císař dovolil, aby nově získaný majetek byl jako právní pořízení zapsán do Zemských desek, a Velké Němčice byly následně v roce 1627 převedeny.
Vitalita a odhodlání obyvatel městečka, nerezignujících na válečné útrapy, bylo to, co je nutilo vyrovnat se s válečnými důsledky a překonat je. Podle lánského rejstříku z roku 1667, prvního daňového katastru moravského, měly Velké Němčice 44 osídlených domů, 13 lhotních a 47 pustých domů. Situace v městečku se během několika let zlepšila, takže v roce 1673 se v městečku napočítalo 47 osídlených domů, 13 nově osídlených od roku 1656, čili celkem 60 obydlených domů. Pustých zůstalo 22 a po roce 1656 k nim přibylo dalších šest domů.
Počet obyvatel se ovšem nadále měnil; uvádí se že v 70. letech 17. století bylo ve Velkých Němčicích 60 usedlostí a 6 domkářských míst. Část domkářů bydlela v nájmu u sedláků a pracovali pro ně; nebyli uvedeni jako podruzi. Z uvedených záznamů vyplývá, že hospodáři seřazení podle velikosti usedlostí tvořili významnou část komunity, která se snažila udržet obyvatele a znovu osídlovat opuštěné gruntové půdy.
Nová Ves byla samostatná obec s 5 osídlenými a 5 pustými domky bez polí; nadpočetných vinic bylo 163 měřic 5 osmin. Viniční trati zahrnovaly Psinky, Horní Punt, Dolní Punt, Rošítky a další. Přírodní kalamity a nepřátelské vpády dále ovlivňovaly hospodářství: v roce 1662 vymrzly vinice, v roce 1675 bylo máz vína kyselé, v roce 1688 stál máz vína 12 kr. V roce 1698 zasáhlo krajinu velké krupobití. V roce 1702 a 1709 postihly vinice mrazy a sucha; v 1712 bylo víno levné a sudy se sháněly za nízké ceny. Pokračující povodně z Dyje a další přírodní výkyvy zhoršovaly podmínky pro hospodářství až do konce 18. století.
Historie rodu Strachotů, kantorské rodiny spjaté s Panenským Týncem a Vrbnem nad Lesy, ukazuje kořeny hudební tradice této oblasti. Kantorská tradice rodu Strachotů sahá velmi hluboko do 17. století. Synové Jiljího Adama Strachoty - Martin, Erhard a jejich potomci, působili pak v Panenském Týnci a Vrbně nad Lesy ještě přes půl druhého století. Martin Josef Joachim Strachota (1720-1800) se narodil v Panenském Týnci a celý život zde působil; jeho syn Jakub Erhard Strachota (1735-1778) působil ve Vrbně nad Lesy. Josef Cyrill Strachota (1746-1809) se stal nejvýraznější hudební osobností rodu; ve sbírce se dochovaly jeho autografy a přes dvacet jeho skladeb. Jeho otec Martin Josef Joachim Strachota se podílel na tvorbě sbírky a jeho synové pokračovali v rozvoji kantorské tradice.
Ve sbírkách se objevují opisy významných autorů a děl - František Xaver Brixi, Franz Joseph Öhlschlägel, Josef Ferdinand Norbert Seger, Jakub Jan Ryba, Josef Mysliveček, Václav Pichl a další. Zajímavostí je i rola rodiny Manšingerů, která vnášela do sbírek díla Vojtěcha Františka Manšingera a jeho potomků; sbírka ukazuje propojení lounského regionu s panenskotýneckým chrámem sv. Jiří a Moravským kantorem rodu Strachotů.
Celková mozaika ukazuje, že krutost konce 17. a počátku 18. století nebyla jen vojenská, ale i kulturní: rod Strachotů udržoval a rozvíjel hudební dědictví, které přežilo do 19. století díky pečlivému opisování, dědění a pokračování kantorské tradice v Panenském Týnci, Vrbně nad Lesy a dalších místech. Záznamy v matrikách, kronikách a hudebních sbírkách odhalují bohatou síť kontaktů a vlivů, která spojovala Velké Němčice a širší region Moravy s kulturním dědictvím české hudby.