Narodil se 28. listopadu 1947 v Praze a vyrůstal se dvěma staršími sestrami. Matka, kterou ve svém vyprávění titulují Květinka, pocházela z katolické rodiny. Jan David Novotný přišel na svět 28. listopadu 1947 v Praze a vyrůstal se dvěma staršími sestrami. První měsíce života proto David Jan Novotný strávil v kojeneckém ústavu. Nastupující stalinistická totalita, z níž si David Jan Novotný pamatuje hlavně řeči o tom, že „to brzy praskne“, postihla hned několik členů jeho rodiny.
Babičce Martě komunisté zestátnili velkostatek u Kyjova, dědeček Adolf už nemohl vyučovat na teologické fakultě, protože, slovy pamětníka, „nechtěl smiřovat Pánaboha s Marxem“. Otec Jan Blahoslav byl v roce 1948 propuštěn z redakce Svobodného slova a nastoupil v truhlářské dílně podniku Propagační tvorba. „Pro mě to mělo výhodu, protože když jsem se hlásil na školu, uváděl jsem, že otec je dělníkem. Byl ale dělníkem z rozhodnutí strany,“ říká David Jan Novotný.
Otcův bratr, strýc Pavel Novotný, pracoval jako mikrobiolog v laboratoři pod vedením Zdeňka Patočky. Laborantka Marie Ufová mu nabídla členství v údajné protistátní skupině: „On byl mladý, svobodný. Myslel si, že se dělá zajímavou a že ho chce sbalit. Nadával jí, ať nehloupne a vymývá Petriho misky,“ vypráví David Jan Novotný. Ukázalo se však, že Marie mluvila pravdu. Její činnost byla v roce 1951 odhalena a odsoudili ji na patnáct let. Z vězení se dostal předčasně díky intervenci svého bývalého nadřízeného Zdeňka Patočky, který ho vyreklamoval jako odborníka při epidemii úplavice v královéhradeckých kasárnách.
Ve vězení skončila také prateta Olga, manželka bratra pamětníkova dědečka, která žila v Kroměříži. Její muž Gustav Novotný byl zubař, a když za války zemřel, Olga po něm zdědila prosperující praxi. Při znárodnění ukryla doma v květináčích velké množství zubařského zlata, které postupně rozprodávala, aby měla na živobytí. S jejím propuštěním se pojí tragikomická historka. Davidovi prarodiče jí na uvítanou chtěli koupit luxusní dárek, a tak v prodejně Bijoux de Bohème na Staroměstském náměstí zakoupili štrasový náhrdelník. „Ona otevřela tu krabičku, hned ji zaklapla a vyhodila oknem,“ vzpomíná David Jan Novotný.
Mít příbuzného ve vězení v té době nebylo nic deklasujícího, připomíná David Jan Novotný: „Žil jsem v prostředí, kde bylo běžné, že rodiče některých spolužáků byli zavření nebo skončili u PTP. Byla ostuda mít rozedenou nebo svobodnou matku. Ale aby byl někdo z rodiny ve vězení, to byla běžná věc. Do roku 1951 rodina žila v domě se zahradou v ulici Na baště sv. Tomáše na rozhraní Hradčan a Letné. „Předtím jsem byl zvyklý, že ze zahrady vyběhnu po schodech rovnou do kuchyně. Najednou jsme se přestěhovali do čtvrtého patra činžovního domu, stromy tam nebyly žádné, ta výška mě trochu děsila.
Přestože doba, v níž prožíval dětství, byla tíživá, osobně to nijak nepociťoval a díky rodinné soudržnosti vyrůstal v láskyplném, podnětném prostředí. Na návštěvu často přicházeli otcovi umělečtí přátelé z předválečných dob, kdy často kreslil karikatury známých herců. Rodina se účastnila bohoslužeb v nedalekém evangelickém kostele sv. Sestra Jana, řečená Honzička, posléze vystudovala konzervatoř v Kroměříži a Marta výrobu hraček a loutek na Střední uměleckoprůmyslové škole na Žižkově.
David Jan nastoupil po absolvování základní školy na jedenáctiletku v Botičské ulici. Jeho matce se v té době znovu vrátila tuberkulóza, a tak situace v rodině byla složitá, mnoho povinností dopadlo na starší sestru Martu. „Do školy jsem chodil, jenom protože se tam muselo chodit,“ říká David Jan Novotný. V maturitním ročníku roku 1965 se hlásil na dokumentární tvorbu na FAMU, ale škola dávala přednost uchazečům s praxí, a tak vystřídal několik zaměstnání. Pracoval na poště v Hybernské ulici, později jako asistent Jiřího Suchého v divadle Semafor i jako závozník v mýdlovaru, rozvážel také chleba ze smíchovských pekáren.
Nastupující politické uvolňování v době Pražského jara vnímal s určitou skepsí: „Někdo přišel s tím termínem socialismus s lidskou tváří. Ale to je contradiction in adjecto. My jsme nevěřili, že komunismus se dá jakkoli vylepšit. V léte 1968 jel s přáteli na dovolenou do Rumunska a uvažoval o tom, že se už do Československa nevrátí: „Sednu na loď, odjedu do Turecka, na Blízký Východ,“ řekl kamarádům. Ti ho ale přesvědčili k návratu do Československa. Předvečer invaze vojsk Varšavské smlouvy, 20. srpna, strávil David Jan Novotný s přáteli v hospodě. Když se dlouho po půlnoci vracel domů, na Staroměstském náměstí zahlédl muže v uniformách, kteří tam rozestavovali jakousi vojenskou techniku. Šel spát a krátce nato ho probudil telefon. „Jsou tu Rusáci,“ sdělila mu kolegyně z Barrandova. „Co mě budíš, já jsem je teď potkal,“ zamumlal rozespale a zavěsil.
V následujících hodinách se David Jan Novotný účastnil bojů okolo budovy Československého rozhlasu. „Když to tam začali kropit, plácl jsem sebou za obrubník. Nad hlavou mi hvízdaly kulky. Nevěřil bych, že se dokážu zploštit jako list papíru.“ Teprve když kolem sebe viděl raněné i mrtvé, uvědomil si, v jakém nebezpečí se nachází. „Neměli jsme nic lepšího na práci než sehnat kovové kramle, pořádně se rozmáchnout a udělat díru do barelu s naftou, který měli Rusové připevněný na tanku. Stačilo udělat do toho díru a zapálit ji.“
Později si také na bundu našil československou vlajku: „Byl to takový neprozřetelný vlastenecký počin. Davidovi rodiče se po okupaci Československa rozhodli emigrovat, odjeli do Německa a posléze do Švýcarska, stejně jako babička, sestra Honzička a strýc Pavel s rodinou. On sám ovšem do ciziny odcestovat nemohl, protože krátce předtím dostal povolávací rozka. V takové situaci bylo nemožné získat cestovní pas, navíc by mu hrozilo obvinění z vyhýbání se vojenské službě. David Jan Novotný nastoupil nejprve ke spojovacímu útvaru v Litoměřicích, ale protože měl příbuzné v zahraničí, byl přidělen do fotooddělení.
Během vojenské služby byl svědkem prověrek mezi profesionálními důstojníky: „Začali vyhazovat vojáky, kteří nesouhlasili s okupací Československa. Ti to nesli velmi úkorně, protože předtím věřili Sovětskému svazu. Pro mě bylo nepředstavitelné, že někteří se na ně dívali jako na hrdiny. Vždyť sloužili v komunistické armádě! Jací hrdinové? Na vojně vypomáhal také v knihovně, kde roku 1969 zažil vyřazování čerstvě vydaných knih, jejichž vydání bylo povoleno ještě před invazí vojsk Varšavské smlouvy.
Na Barrandov ho už zpátky nevzali, a tak začal koncem roku 1970 pracovat v tiskárně. Současně dělal znovu přijímací zkoušky na FAMU, tentokrát na obor scenáristika a dramaturgie. Členem přijímací komise byl mimo jiné i spisovatel Milan Kundera, který ještě v té době na scenáristice vyučoval. Podle svých slov byl přijat na poslední chvíli: „V květnu 1971 vydal ministr školství příkaz, že uchazeči, kteří mají politické problémy nebo někoho z rodiny v emigraci, nesmějí být přijati na vysokou školu. Ale Ivan Osvald, tehdejší šéf katedry scenáristiky, řekl, že na to nemusejí brát zřetel, tyto vyhlášky nemají zpětnou účinnost.
Krátce před začátkem studia, v srpnu 1971, se seznámil se svou budoucí ženou Olgou. Pocházela také ze Starého Města, bydlela v domě U Celestýnů v Dlouhé ulici, jen pár kroků od jejich bytu v Pařížské. Vzali se v evangelickém kostele U Salvátora, kde je oddal manžel Davidovy sestry Marty, evangelický farář Jan Keller. Ženichovu matku, která byla v emigraci, zastoupila jeho teta.
Během prvního ročníku na FAMU ještě přežívala uvolněnější atmosféra, ale později se vedoucím jejich ročníku stal nechvalně proslulý Ludvík Toman, šéfdramaturg a normalizátor Barrandova, jehož David Jan Novotný nazývá „hrobařem českého filmu“ a dodává: „Od té doby jsme se museli ve scenáristice vzdělávat sami. Různě jsme to chytali ze vzduchu, i když, upřímně řečeno, scenáristiku člověk studovat nemusí. Musíte znát jen techniku, jak napsat scénář. Člověk musí umět odvyprávět dobrý příběh, vyprávět ho pomocí obrazu a ne spoustou slov jako rozhlasovou hru.
Větší problém představovalo uplatnění po dokončení studia. Na Barrandově v té době v rámci normalizačních čistek vyhazovali mnoho lidí a přijímali podle jeho slov jen ty, kteří byli v KSČ. To pro Davida Jana Novotného nepřipadalo v úvahu: „Marxismus popírá Pánaboha. Já jsem věřící člověk, takže to prostě nejde, to si nesrovnám v hlavě. Ještě během studia ho navíc předvolali k výslechu na Státní bezpečnost v Bartolomějské.
„Nějaký kapitán Mourek - určitě se jmenoval jinak - na mě dělal takový nátlak. Že prý jsem nedávno žádal o pas a že by to možná šlo, kdybych trošku spolupracoval. Když jsem řekl, že to nepřipadá v úvahu, naznačil, že bych nemusel dostudovat. Odpověděl jsem mu, že jsem se už dřív živil rukama a nic mi to neudělalo.
Práci na Barrandově nakonec získal i jako nestraník, ale později znovu musel čelit nátlaku, aby se stal členem KSČ. Jeden z kolegů mu dokonce oznámil, že už ho nahlásili jako kandidáta a že bude průšvih, pokud do strany nevstoupí. „Podivoval jsem se té jejich naivitě. Někteří kolegové scenáristé do KSČ vstoupili s hloupými argumenty, že budou rozkládat stranu zevnitř. Spíš bych dokázal akceptovat, kdyby řekli, že tomu stoprocentně věří. Ale když to někdo udělá z prospěchářských důvodů a ještě se vymlouvá, aby se obhájil před kamarády, nemůžu se s ním dost dobře bavit.
Manželům Novotným se narodili dva synové, Josef v roce 1975 a Matěj v roce 1977. V roce 1981 dostal David Jan Novotný poprvé výjezdní doložku na Západ, aby mohl navštívit své rodiče a další příbuzné, s nimiž se třináct let neviděl. Znovu mohl vycestovat již v následujícím roce, tentokrát i s manželkou Olgou. Během cesty za příbuznými do Velké Británie byl David Jan Novotný z kuriózních důvodů zadržen na hranicích v přístavu v Calais: „Tehdy pátrali po členech teroristické skupiny Frakce Rudé armády. Všude visely plakáty s fotografiemi vousatých mužů. A já jsem byl černovlasý a měl jsem vousy, tak mě vytáhli z auta ven.

V roce 1983 zemřel Davidův otec a matka se rozhodla k návratu do Československa. „Když jsme se v osmdesátých letech různě dohadovali s kamarády katolíky, co bude, až komunisti padnou, říkal jsem: ‚Teď jsme všichni zajedno, ale uvidíte, že až to praskne, začneme se hádat‘. Označovali mě za naprostého škarohlída,“ vzpomíná David Jan Novotný. Nástup Gorbačova a perestrojky vnímal stejně skepticky jako předtím Pražské jaro: „Vylepšovat komunismus je iluze. Můžete ho buď upevnit nebo zrušit.
V pátek 17. listopadu 1989 se účastnil synodu evangelické církve na Vinohradech, odkud vyrazil na studentskou demonstraci na Albertově. V roce 1990 se účastnil znovuzaložení filmového a televizního svazu FITES, kde působil jako místopředseda. David Jan Novotný nemá židovské kořeny, v devadesátých letech však konvertoval k judaismu: „Chodím už čtvrt století pravidelně do synagogy každý předvečer šabatu a o šabatu ráno - pokud jsem tedy v Praze - , dodržuji šabat a držím všechny židovské žáňky, studuji na stará kolena judaismus, přednáším o židovské literatuře.“ Napsal také několik beletristických knih s židovskou tematikou. Příběh pamětníka v rámci projektu Příběhy 20.