Kostel Nejsvětější Trojice byl postaven pravděpodobně mezi polovinou 15. století a rokem 1510, přesné datum není známo. Původně sloužil kostel pro potřeby české utrakvistické menšiny, podporované v 16. století pány ze Žerotína. V pramenech se někdy setkáváme s názvem „Moravský kostelík“; tento starší název kostel získal na základě bohoslužeb v českém jazyce, na rozdíl od farního kostela Nanebevzetí Panny Marie, kde se kázalo německy.
Na konci 16. století předali čeští bratři správu kostela protestantským duchovním. V roce 1624 se město dostalo pod správu jezuitské vrchnosti a kostel byl dočasně uzavřen. Protestantské duchovní vystřídali opět katoličtí kněží. V 16. století se za kostelem rozprostírala dobytčí louka s menším rybníkem. Kolem kostela se původně nacházel evangelický hřbitov, který byl v minulosti několikrát přesouván. Za vlády jezuitů byl na toto místo přemístěn katolický hřbitov z centra města.
V 2. polovině 19. století však hřbitov pro neustále se rozrůstající město nedostačoval; mimo to zde prosakovala podzemní voda, což vedlo k jeho přemístění na nové místo za městem. Přestože je známo, že Hnojice měly kostel a tedy i faru již roku 1302, nevíme, jak tento starší kostel vypadal (dřevěný či zděný) a komu byl zasvěcen. Pravděpodobně stál na místě dnešního chrámu, jen oltář býval obrácený k východu, dokud v květnu roku 1805 nepropukl velký požár.
Při požáru shořela chrámová loď i s vnitřním zařízením, zdivo věže však zůstalo. Z původních pěti zvonů tři velké pukly žárem a malé se rozpustily; zničeny byly i věžní hodiny. Při snaze faráře Jaicha a obce o nápravu byl 10. října roku 1806 zahájen zásah a Hnojice s přifařenými obcemi postoupily na severní straně věže ke stavbě nového kostela Nanebevzetí Panny Marie, s pootočenou chrámovou lodí a hlavním oltářem obráceným k osadě.
V letech 1806-1812 byl nový kostel dostavěn a v roce 1812 byl slavnostně posvěcen. Z puklých zvonů zhotovil olomoucký zvonař Wolfgang Straube zvony nové, první z nich se rozezněly 15. února 1807. Hlavní oltář byl zbudován roku 1864 nákladem 6.000 zl.; socha Nanebevzetí Panny Marie a sochy sv. Cyrila a Metoděje patří k významným dílům sochaře Kutznera. Kostel tedy tvoří trojlodí s bočními pavlačemi a hlavní oltářem, kolem něhož se soustředí bohaté architektonické a ikonografické prvky.
Interiér obsahuje oltář sv. Josefa ve evangelní lodi, oltář Panny Marie v epištolní lodi, oltář Svatého Srdce Páně a řadu obrazů a soch z 18.-19. století. Při obnovách v 19. století a na počátku 20. století byly provedeny i nástěnné malby, polyfunkční výzdoba a restaurování oltářů; hlavní oltář z roku 1864 zůstává dominantou chrámu. Po staletí se kolem kostela rozprostíral hřbitov, který byl obehnán zdí a ve 2. polovině 19. století doplněn o sochu sv. Jana Nepomuckého a další sochařskou výzdobu.
V roce 1967 zasáhla věž silná vichřice; byla poškozena, proximálně poničena báň a vrchol věže. Od 27. února začala oprava a 9. března nastoupili tesaři k demontáži a následné výstavbě nové věže. Práce trvaly až do roku 1968, kdy byla nová báň a kříž na věži usazeny a kostel znovu uveden do provozu. Báň je měděná, průměr 80 cm, kříž vysoký 3 metry s rozpětím 105 cm.
V následujících letech probíhala obnova střechy a fasády. Oprava byla ukončena 15. srpna 1980; byla provedena svépomocí a stála 120 tis. Kčs. Pracovalo se zejména o sobotách a bylo odpracováno více než 2.000 brigádnických hodin. Při severním průčelí kostela stojí dřevěný kříž z 2. poloviny 19. století.
Historické části hřbitova byly postupně upravovány: hřbitov býval obehnán kamennou zdí a křížovou cestou; zdi kolem starého kostelního hřbitova byly zbourány po smrti zavražděného faráře Christa a hřbitovní prostor byl upraven na park. Stále stojí sakrální památky v parčíku u sakristie a kolem kostela, včetně sochy sv. Jana Nepomuckého z roku 1730 a kamenného kříže s reliéfy.
Významná stylistická a materiální zobrazení interiéru
Hlavní oltář z roku 1864 zahrnuje sochy Nanebevzetí Panny Marie, sv. Cyrila a Metoděje, Nejsvětější Trojice a andělů; řezbářské práce provedl sochař Kutzner. Krátký popis interiéru připomíná rovněž oltář sv. Josefa v evangelní lodi a oltář Panny Marie v epištolní lodi, který byl obnoven roku 1890 a je vyroben z šedého mramoru s vloženým červeným mramorem. Nad oltáři se nacházejí medailóny sv. Tekly a sv. Karla Boromejského.
V presbytáři je hlavní oltář s jezdeckým obrazem sv. Martina z roku 1900 a soška Nejsvětějšího Srdce Páně na oltářním stole. Po obou stranách lodi visí 14 obrazů křížové cesty pocházejících z 19. století. Obraz Nanebevzetí Panny Marie z roku 1750 zdobí hlavní oltář a poodhaluje krásu raně moderního symbolického zobrazení.
Věž je osazena jedním zvonem z roku 1932 od firmy Herold z Chomutova po 2. světové válce; dřívější zvony byly postupně odvezeny během válečných období. Na severní straně hřbitova stojí empírová hrobka Beessů z Chrostiny, a kolem kostela je pěkná ohradní zeď s kaplemi a dřevěnou márnicí, která byla během modernizací částečně odstraněna.
Současnost a jubileum
V rámci 200. výročí posvěcení farního kostela Nanebevzetí Panny Marie v Hnojníku byla farnost připravena na slavnostní koncert. Jednolodní empírový kostel z roku 1812 je kulturní památkou a nachází se na návrší v centru obce Hnojník. Stavba zděné sakrální stavby, orientovaná s hlavním oltářem k západu a vchodem k východu, proběhla na půdorysu rovnoramenného kříže s půlkruhovým závěrem. Dřevěný kostel před zděnou stavbou byl popisován v protokolech a uložení oltářů a zvonů bylo rovněž popsáno v tehdejší dokumentaci.
V současnosti stojí kostel Nanebevzetí Panny Marie jako významný bod kulturního dědictví obce; jeho opravy a údržba byly prováděny různými generacemi farnosti a dobrovolníky. V historickém kontextu je tento kostel svědkem přeměn od dřevěného lidsky obřadního místa ke zděné empírové bazilišce s bohatou ikonografií a přidanou funkčností pro liturgii 20. století.
Ke kostelu patří i hřbitov obehnaný zdí, který byl v průběhu let upravován a rozšiřován, a kolem něhož stojí několik významných sakrálních soch a památníků, včetně sochy sv. Jana Nepomuckého a křížů s inskripcemi z 19. století. Dnes tedy kostel a jeho okolí představují důležitý kulturní a historický celek, který láká návštěvníky i badatele k poznání místních dějin a sakrální architektury.