Vznik nového řeholního řádu potvrdil papež Pavel III. bulou Regimini militantis Ecclesiae. Duchovním otcem Tovaryšstva Ježíšova byl sv. Ignác z Loyoly, který se narodil roku 1491 do urozené baskické rodiny. Zpočátku nic nenasvědčovalo tomu, že z mladého Ignáce vyroste velký křesťanský mystik; jako mladíček byl pážetem na dvoře Ferdinanda Aragonského a později vstoupil do armády. Vojenskou kariéru ukončilo vážné zranění nohy; během dlouhé léčby Ignác četl knihy o Spasiteli a životech svatých a začal formovat svou vizi pro nový řád, který by spojoval vzdělání, duchovní cvičení a misii.
Ignácovy duchovní cvičení - exercicie - se staly klíčovým prvkem spirituality řádu. Záhy se pustil do univerzitních studií a na univerzitě v Paříži, kde studoval fyziku, logiku a filozofii, kolem sebe soustředil skupinu mladých mužů; byl mezi nimi i sv. František Xaverský a společně vyrazili do Jeruzaléma, aby obraceli muslimy na víru. Po neúspěchu v Jeruzalémě odešli do Říma k papeži a nabídl své služby; papež nakonec jejich společenství přetvořil v řeholi.
Jezuité měli dodržovat vojenskou kázeň a být plně poslušní nadřízenému; jejich víru prohlubovali a pěstovali formou exercicií. Smyslem řádu byla vzdělávací a vědecká činnost a misie. Pražské Klementinum se stal významným střediskem a brzy se rozšířil do Českého království. V Praze se usadili na Starém Městě v areálu kostela sv. Klementa a založili kolej - Klementinum; později se stala součástí Karlovy univerzity a centrem meteorologie a vědeckého výzkumu, zejména v matematice a astronomii.
Jezuité se rozšířili po celém tehdy známém světě: od 16. století působili na Dálném východě, v Latinské Americe a jinde, učili jazyky místních kultur a přebírali jejich zvyky. Učili se jazyk oblasti, ve které působili - to platilo pro Čechy i pro Čínu či Japonsko. V 16. století byli jezuité vpředu ve vzdělání a misii; během 17. a 18. století se jejich misie výrazně prosazovaly v Indii, Číně, Japonsku a Severní Americe. Jezuitské řádové metody a vzdělávání vyzdvihovaly kritické myšlení a vědecké poznání, a to i v rámci duchovní tradice.
V kontextu Evropy se jezuité stali významnou silou proti reformaci: řád byl spojen s obrodou katolické církve a školstvím; jejich činnost v Čechách zahrnovala Klementinum, Nové Město - koleje na Malé Straně a další instituce. Kritici řádu vyčítali jeho roli v období protireformace, avšak historik Josef Pekař i další upozorňovali, že jezuité usilovali o šíření barokní kultury a vzdělanosti napříč architekturou, malířstvím, hudbou i učením. V bonusových tvrzeních bývá často uvedeno, že jezuité se stali symbolem boje proti reformaci, zatímco jejich skutečný vliv zahrnoval široké spektrum činností a kulturního dopadu.
Řád byl po prvním zrušení v roce 1773 papežem Klimentem XIV. dočasně zrušen, a po několika desetiletích byl obnoven papežem Piem VII. v roce 1814. Dnes jsou jezuité činní ve většině zemí světa, jejich spiritualita vychází z duchovních cvičení Ignáce z Loyoly a klade důraz na osobní zbožnost, službu a vzdělání. V Čechách byl klíčovým představitelem Bohuslav Balbín (1621-1688), historik a obránce českého jazyka a kultury; jezuité se rychle šířili po českých zemích a založili řadu kolejí a škol. Klementinum, dnes sídlo Národní knihovny ČR, je druhý nejrozsáhlejší komplex v Praze a důležitým místem pro vědu a kulturu; v interiérech je patrný odkaz jezuitů a jejich vliv na měřené poznání a meteorologii.
Mezi další významné jezuitské koleje patří například kolej v Kutné Hoře (Galerie Středočeského kraje a expozice regionálních expozic), Klatovy s kryptami pod jezuitským kostelem Neposkvrněného početí Panny Marie a sv. Ignáce, a také koleje v Telči či v Uherském Hradišti. Jezuité byli především dělníky vzdělání a vědy; jejich školy a univerzitní programy formovaly mnoho významných osobností, mezi nimiž se objevili spisovatelé, geografové a historikové. V diskuzích o jejich vlivu na politiku a kulturu se objevují názory, že jezuité sehráli roli i v politickém prostředí, a to nejen na půdě církve, ale i v rámci evropské veřejné sféry.
V současnosti jezuité vykládají svou identitu jako duchovní doprovázení a službu lidem, s důrazem na misie, vzdělávání a kultivaci mysli. Důležitou součástí jejich misijního a vzdělávacího úsilí zůstává podstata Duchovních cvičení a zaměření na rozvoj odnímatelné a vnitřně svobodné cesty k Bohu, která má vyústit v službu lidem po celém světě. Poznání jejich historie vede k lepšímu porozumění jejich současných cílů, metod a vlivu na kulturní a vědecký život ve střední Evropě i ve světě.
