Každou celou hodinu Vyšehrad rozezní zvonohra kapitulního kostela, jenž prošel za 950 let od svého založení mnoha stavebními úpravami. V r. 1903 byla dokončena poslední přestavba, která vtiskla kostelu dnešní neogotickou podobu. Interiér je bohatě zdoben ornamentální a figurální secesní nástěnnou malbou. Stálá expozice pocházející ze sbírek Vyšehradské kapituly zahrnuje zlaté a stříbrné šperky, fragmenty tkanin a drahocenných látek, novogotické předměty související s přestavbou Vyšehradu koncem 19. století.
Celkově je v bazilice sv. Petra a Pavla 21 zvonů: 14 menších patří zvonkohře a jsou spolu se 4 většími zvony umístěny v levé věži. Dva historické zvony - zvon Petra a Pavla z roku 1584 a zvon z roku 1621 - jsou v pravé věži. V období kolem 14. 2. bývá vystaven vzácný relikviář s ostatky sv. Kapitulní a farní kostel byl založen knížetem Vratislavem II. ve 2. polovině 11. století podle vzoru římského kostela sv. Petra a Pavla, když kníže začal budovat své sídlo na Vyšehradě jako záměrný protiklad Pražskému hradu. Podle pověsti prý kníže Vratislav nanosil do základů stavby 12 nůší kamene. S tím souvisí i založení kapituly, která byla nezávislá na pražském biskupovi a podřízená přímo papeži v Římě.
V roce 1903 byla dokončena poslední přestavba, která vtiskla kostelu dnešní podobu. Za 900 let prošel mnoha stavebními etapami: od původní románské baziliky v 11. století přes vrcholně gotickou podobu za Karla IV., kdy vzniklo trojlodí s bočními kaplemi, po barokní přestavbu 20. let 18. století podle Giovanna Santiniho a neogotickou přestavbu, kterou započal roku 1885 arch. Josef Mocker. V letech 1902-03 byly vybudovány vysoké průčelní pseudogotické věže podle návrhu arch. Františka Mikše a zároveň odstraněna barokní zvonice z roku 1678. Reliéf tympanonu hlavního portálu vytesal roku 1901 Štěpán Zálešák na motiv Posledního soudu. Interiér chrámu je bohatě zdoben ornamentální a figurální secesní nástěnnou malbou akad. malířů manželů Františka a Marie Urbanových z let 1902-1903. Na stěně levé boční lodi zůstala zachována barokní malba domnělého vzhledu Vyšehradu z roku 1420. V presbytáři jsou fresky vídeňského malíře Karla Jobsta na téma život sv. Petra a Pavla. Skleněné vitráže oken navrhl František Sequens. Krásně polychromovaný hlavní oltář vyřezaný podle návrhu arch. Josefa Mockera řezbářem Josefem Hrubešem v letech 1884-1889 představuje patrony chrámu sv. Petra a Pavla a sv. Cyrila a Metoděje. Oltář českých patronů v druhé kapli vlevo je velkolepé secesní dílo řezbáře Jana Kastnera z počátku 20. století.
Na oltáři ve třetí kapli vpravo je nejvzácnější deskový obraz Panny Marie Dešťové, vynikající dílo české gotické malby z poloviny 14. století, pocházející ze sbírek Karla IV. a Rudolfa II. a darovaný vyšehradskému kostelu roku 1606 Ondřejem Hennevaldem. Pověst vypráví, že jej maloval sám sv. Lukáš a že k obrazu v době sucha chodila procesí prosit o vláhu. V první kapli vpravo je románská kamenná rakev z 12. století přisuzovaná sv. Longinovi, patrně rakev některého člena rodu Přemyslovců. Při archeologickém výzkumu zde byla nalezena malba Panny Marie s Ježíškem v náručí z doby Karla IV. Původně románská krypta byla stavěna jako pohřební kostel svého zakladatele a prvního českého krále Vratislava II., který zde byl pohřben jako první v roce 1092 a poté i další členové královského rodu. Královská hrobka s ostatky panovníků však při archeologickém výzkumu nalezena nebyla.
V letech 1988-1994 byl interiér chrámu nákladně zrestaurován. V roce 2003 povýšil papež Jan Pavel II. nahlédnout do románsko-gotické krypty či se rozhlédnout na město Brno můžete na Petrově v chrámu sv. Petra a Pavla v Brně. Katedrála stojí v místech, kde kdysi rovněž stával brněnský hrad a románský kostelík. Na jeho základech vyrostl na přelomu 13. a 14. století raně gotický kostel sv. Petra, nesčetněkrát upravovaný, rozšiřovaný a přestavovaný. Počátkem 20. století byl pak chrám přestavěn v novogotickém stylu podle návrhu architekta A. Římskokatolická farnost u kostela sv. Cestujte pohodlně vlakem kamkoliv a kdykoliv.
Vyšehradské kostely, včetně baziliky sv. Petra a Pavla, dokládají bohaté architektonické vrstvy od románského období po neogotiku a neustále lákají návštěvníky na prohlídky, výstavy a duchovně-vzdělávací programy. Vstupenky do baziliky jsou nyní k dispozici i online a v ceně bývá zahrnutý online průvodce po bazilice od SmartGuide. Původní románskou kryptu můžete navštívit i díky pokračujícím archeologickým a restaurátorským pracím, které odhalují základy kostela z poloviny 12. století. Zvonohra nad zvony kapitulního chrámu vyzvedává poledne a připomíná historické okamžiky, jako byl obléhání města během třicetileté války.
Ke kostelům na Vyšehradě patří také rotunda sv. Martina a bazilika sv. Vavřince, a nově vyzdvižené možnosti v rámci vyšehradské kapituly rozšiřují nabídku pro návštěvníky zahrnující prohlídky a kulturní programy. Kromě působivého interiéru chrámu a jeho zlatě zdobených artefaktů se zájemci mohou podívat na bohatou sochařskou a malířskou výzdobu, která vypráví o náboženských i civilních velkolepostech doby.
