Kardinál Dominik Duka čelí veřejným debatám kvůli napomenutí Tomáše Halíka za jeho vyjádření k probíhající diskutované problematice Istanbulské úmluvy a kázání Petra Piťhy v katedrále při svátku svatého Václava. Arcibiskupství pražské uvedlo, že napomenutí se netýká diskuse na Kněžském dni a že šlo o širší kontext sporů kolem genderu a veřejného života, ačkoliv podle CIC může napomenutí dát jen diecézní biskup. Napomenutí je datováno 12. listopadu 2018 a Halík ho popisuje jako součást dlouhodobého sporu s Dukou.
Halík na svém webu popisuje, že s Dukou byli přátelé 50 let a že se k napadení Piťhových projevů postavil jasně proti jejich krajně nevhodnému obsahu. O tom, proč Halík kritizuje Piťhovu řeč, svědčí jeho výrok, že „formou i obsahem krajně nevhodný“ projev nemá v katedrále co dělat, zvláště při velkém církevním svátku. Halík dále uvádí, že Piťha použil „metafory“ a že prameny, ze kterých vycházel, nebyly seriózní, což později ukázalo, že šlo o fake news či satirické texty.

Podle Halíka se Duka za Piťhu postavil a vyjádřil podporu, což Halík vnímal jako zásadní odklon od otevřené kultury dialogu v církvi. Halík zároveň uvádí, že napomenutí není jen o Izmeném textu, ale má širší souvislosti než jen Istanbulskou úmluvu; arcibiskupství to potvrzuje a dodává, že napomenutí sám o sobě není debatou o Kněžském dnu. V průběhu roku 2018 došlo k vyostření sporu mezi Halíkem a Dukou, který Halík charakterizuje jako součást své snahy o transparentní a otevřenou diskuzi v rámci církve.
Halík sdílí, že s Dukou byli dlouho spojeni nejen profesně, ale i v soukromí v „podzemní církvi“, a že aktuální doba zkouší jejich vztahy a jejich pohledy na kulturu dialogu. Podotýká, že by si přál nalézt vzájemnou cestu k porozumění, ale současná situace vyvolává nejistotu ohledně budoucí spolupráce. Halík tvrdí, že napomenutí vedlo k nárůstu podpůrných dopisů od věřících i nevěřících a od kněží v republice, čímž se podle něj zvedla veřejná podpora za svobodu projevu a dialogu.

V souvislosti s Istanbulskou úmluvou se ukazuje více úhlů pohledu. Halík tvrdí, že řešení se odvíjí od výkladů a interpretací a že debata by měla zůstat věcná a zasahovat širokou společnost bez zbytečného útoku na jednotlivé osoby. Podle Halíka je důležité odsoudit instrumentalizaci náboženství a vyvarovat se vzájemného nepřátelství jen kvůli odlišným názorům. Duka naopak vnímal Piťhovo kázání jako příspěvek k veřejné debatě, avšak veřejná podpora napomenutí byla médiemi interpretována různě.
Napomenutí samotné vyvolalo diskusi o tom, zda je v pořádku napomenout kněze za veřejný projev mimo diskusi o víře; Halík a jeho příznivci tvrdí, že se jedná o narušení dialogu a svobody vyjadřování, zatímco Dukova strana argumentuje, že církev má právo a povinnost vytyčovat mantinely pro rámec veřejné debaty. V zorném poli zůstává otázka, zda napomenutí opravdu souvisí s diskusí o Istanbulské úmluvě nebo s širšími společensko-politickými tématy.
V souvislosti s Pride akcemi Akademická farnost Halíkova a jejich připravované akce vyvolaly kritiku ze strany arcibiskupa Duky, který uvedl, že není vhodné otevírat tuto problematiku v souvislosti s pochodem hrdosti, protože většina účastníků nejsou věřící a cíle akce nejsou v souladu s učením církve. Halík naopak vyjádřil snahu o větší prostor pro toleranci a porozumění v rámci společnosti i církve, což se odráží v jeho dřívějších postojích k Pride a jeho změně v čase.
Podle některých publicistů Duka zaujal střední pozici mezi konzervativními a liberálními názory a kroky Halíka vnímal jako snahu o širší dialog, zatímco někteří kritici tvrdí, že arcibiskupova rétorika vyznívá jako kompromis. Veřejná řešení tohoto sporu ukazují, že církev v Česku čelí střetu mezi historickými tradicemi a novějšími směry pluralistické společnosti, přičemž klíčovým tématem zůstává vyváženost mezi autoritou biskupa a svobodou vyjadřování teologů a kněží.
Napomenutí Halíkovi a jeho reakce na mediální zpravodajství - Halík uvádí, že text napomenutí obsahuje tvrzení, že napadá stanoviska České biskupské konference, což podle jeho tvrzení není doloženo a mnohé jeho odborné posudky to potvrzují. Jeho dopis kardinálovi Dukovi vyzývá k smíru a k řešení sporu cestou dialogu, a zároveň zmiňuje, že by bylo vhodné vyjasnit rozdíly mimo média a v soukromí. Duka a jeho spolupracovníci popírají některé body prohlášení arcibiskupství a poukazují na to, že některé formulace byly antedatovány a že text samotný byl napsán bez jejich souhlasu.
V kontextu širšího dění kolem církve se ukazuje, že katolická církev v ČR zůstává rozdělena mezi zastánce tradičního přístupu a podporovatele otevřenějšího, pluralistického dialogu. Halík vyzývá k cestě vzájemného porozumění a k přijetí různých pohledů jako součást církve, která je otevřená evangeliu lásky a svobody. Církev přitom čelí silnému tlaku veřejného mínění a trendům globalizované diskuse o genderu, rodině a lidských právech, které často vyvolávají silné emocionální reakce.