Po propuštění byl zaměstnán jako expedient v pekárně ve Vranově nad Topľou. Volný čas využíval k pastoračním cestám po vesnicích na východním Slovensku, aby posloužil opuštěným řeckokatolickým věřícím. Když zjistil, že ho STB čeká na pracovišti, utekl a začal se skrývat. Zatkli ho až 7. 2. 1958. Po opakovaných soudních procesech v Prešově a na Pankráci v Praze byl odsouzen na čtyři roky, z kterých si odseděl dva a další dva byly amnestované. V důsledku vedlejšího trestu zákazu pobytu v krajích Košice a Prešov se dostal k Plynostavu Pardubice jako kopáč, kde pracoval až do roku 1968 při rozvodu městského plynu. Od 01. 05. 1968 byl požádán, aby odešel pomáhat do Oseku u Duchcova, tam internovanému biskupovi ThDr. Vasilovi Hopkovi. Od 1. 8. 1968 byl ustanoven správcem farnosti Klenov pri Prešove.
Nově ustanovený prešovský ordinář Ján Hirka ho povolal do ústředí řeckokatolické církve v Prešově. Původně jej chtěl jmenovat kancléřem biskupského úřadu, ale státní správa po půl roce čekání udělila souhlas jen do funkce ceremonáře a aktuára, ve kterých pracoval 21 roků a 4 měsíce. V této době ordinář opakovaně žádal státní správu o souhlas pro kancléře, avšak marně. Potom byl o. Kočiš od 01. 10. 1991 správcem farnosti Ďurďoš. Po rozpadu republiky v lednu 1993 byl zřízen Biskupský vikariát v Praze pod jurisdikcí Prešovského biskupství. Biskup Mons. Ján Hirka jmenoval o. Kočiše kancléřem Biskupského vikariátu. Když Svatý otec Jan Pavel II. erigoval v Praze Apoštolský exarchát, první exarcha biskup Mons. Ivan Ljavinec pak o. Kočiše jmenoval generálním vikářem - protosyncelem a Svatým otcem byl později jmenován papežským prelátem dne 23. 3. 2002 za své zásluhy při obnově Řeckokatolické církve a za svou účinnou pomoc při vytváření struktur Apoštolského exarchátu řeckokatolické církve v ČR. Dne 24. 4. 2004 byl Svatým otcem Janem Pavlem II. jmenován titulárním biskupem abrittským. Biskupské svěcení bylo uděleno 15. 5. 2004 hlavním světitelem Mons. Jurajem Dždudžarem a spolusvětiteli Mons. Jánem Babjakem, prešovským biskupem, a Mons. Ladislavem Hučkem, apoštolským exarchou v Praze. Od 7. 10.
Celý děj je poznamenán složitým vývojem řeckokatolické církve v rámci Československa a následně České republiky, a osobní osudy jednotlivých duchovních, kteří prošli peripetiemi pobytu, pronásledování i následné rehabilitace a uznání významu jejich služby v obnovené církevní struktuře.
Klíčové momenty cesty a služby
- Pracovní období v pekárně ve Vranově nad Topľou a pastorační aktivity na východním Slovensku.
- Poprava jeho svobody a následné zatčení kvůli STB; procesy v Prešově a Praze; odsouzení a odpykané roky.
- Práce v Plynostavu Pardubice až do roku 1968 a následné vyslání do Oseku u Duchcova ke správcovství.
- Ustanovení správcem fary a postupné zapojení do ústředí řeckokatolické církve v Prešově.
- Role kancléře Biskupského vikariátu a dlouhodobé působení jako ceremonář a aktuár.
- Po roce 1993 vznik Biskupského vikariátu v Praze a koordinace pod Prešovským biskupstvím; zapojení do struktur Apoštolského exarchátu v ČR.
- Jmenování generálním vikářem - protosyncelem a pozdější jmenování papežským prelátem za zásluhy při obnově Řeckokatolické církve.
- Titulární biskup abrittský a biskupské svěcení s významnými spolusvětiteli.
Významné období a dopady na církevní struktury
Obnova Řeckokatolické církve v České republice a budování struktur Apoštolského exarchátu bylo ústřední součástí jeho služby. Spolupráce s hlavními představiteli církve a státní správou v kontextu historických změn přispěla k stabilizaci a rozvoji misií v regionu.
