Duchovní probuzení ve vrcholném středověku souvisí se snahou očistit duchovní život od nánosů nesprávných nebo přímo špatných názorů a činů věřících a jistě také od nánosů pohanství. Cesty této očisty byly různé tak, jak různě viděli církev jednotliví lidé v jednotlivých oblastech.
Asi nejznámějším způsobem očisty církve byla snaha oddělit církev od majetku (vznikaly tzv. majetek), rostll několika způsoby - tzv. desátky (zakotvené ve Starém Zákoně) představovaly odevzdání destiny příjmu, dále tzv. odpustky (platby za hříchy namísto duchovních potrestání), či příjmy (kořist) z křížových výprav. Navíc se v 11. - 12. století zavádí celibát (ustanovení církevního zákonu nedovolující se duchovnímu římsko-katolické církvi oženit), což působí proti rozptylování církevního majetku.
sv. František z Assisi (Giovanni Battista Bernardone) (5. 7. 1182 - 3. 12. 1226) tato situace postupně vede ke snaze interpretovat křesťanství jiným způsobem, snaze o návrat k apoštolské chudobě a životu pouze z darů. Jedným z prvních představitelů hlasatelů chudoby, lásky a milosrdenství byl sv. František z Assisi, zakladatel řádu františkánů, jejichž úkolem je kázat a působit na lid a nikoliv hromadit majetek (dokonce nesměli vlastnit žádný majetek).
Názory, které přímo ohrožovaly autoritu a moc církve, byly tvrdě potlačovány. Ve 12. století v Jižní Francii vznikla sekta katharů odmítajících katolická dogmata, církevní majetek a obřady. Kathari byli označeni jako kacíři, byli proti nim pořádány křížové výpravy a byl jim zabaven veškerý majetek. Další ze sekt z jižní Francie byli albigénští (název od centra v Albi v jižní Francii) požadující rozdělení církevního majetku. Také proti nim byla pořádána křížová výprava (1209).
V Burgundsku a severní Itálii působila také sekta požadující naprostou chudobu pro církev společně se závazkem plnění evangelií - tzv. valdenské hnutí (podle Petra Valdése). Reakcí církve na tyto sekty bylo zřízení tzv. Svaté inkvizice (církevního soudu), která měla vyhledávat a soudit kacíře. Inkvizice měla velké právomoci, používala tvrdé tresty, domnělé kacíře mučila, upalovala, zabavovala majetek. Od 14. století byly stíhány i tzv. styky s ďáblem (známé hony na čarodějnice).
Výkonem inkvizičních úkolů byly pověřeny zvláštní řády (např. Svatý František z Assisi (1181 - 1226) založil Řád menších bratří jako odevěď na tehdejší bohatství církve a její odklon od ideálů chudoby a pokory. Františkánské hnutí se zaměřilo na jednoduchý život v chudobě, péči o nemocné a kázání lidem. Františkáni odmítali vlastnit majetek a žili výhradně z darů. Hlavním cílem byl návrat ke kořenům evangelia, důraz na osobní duchovní vztah s Bohem a šíření lásky k bližnímu.
V roce 1098 byli ve Francii založeni cisterciáci (šedé či bílé sutany) jako odnož benediktinů. Ti se zabývali hlavně zemědělstvím, cisterciácký klášter byl hospodářským a kulturním centrem. Cisterciáci vynikli také jako stavitelé a architekti, jejich zásluhou se do střední Evropy (včetně Čech) dostal gotický sloh. Heslo cisterciáků zní „Ora et labora“ (Modli se a pracuj), čímž vyjadřují rovnováhu mezi duchovním a pracovním životem. Cisterciáci až dodnes dávají velký důraz na práci.
Svatý Dominik založil v roce 1216 jako reakci na šíření kacířských hnutí, zejména katharů a albigénských, dominikánský řád. Dominikáni, známí jako kazatelé, se zaměřili na šíření správné křesťanské nauky a potírání hereckých názorů. Církev pověřila právě dominikány vedením inkvizice, která se stala mocným nástrojem proti šíření názorů ohrožujících autoritu církve.
Dalším příkladem duchovního probuzení ve vrcholném středověku byly reformní snahy uvnitř jednotlivých řádů a klášterů. Benedikténi, augustiniáni i další řády se snažily o návrat ke svým zakladatelským ideálům. Tyto reformy zahrnovaly přísnější dodržování řeholních pravidel, důraz na vzdělání mnichů a práci pro komunitu.
