V významných památkách v Třeboni patří augustiniánský klášter s děkanským kostelem Panny Marie Královny a sv. Jiljí. Klášter vznikl v r. 1367, kdy Rožmberkové požádali pražské arcibiskupství o povolení přeměny třeboňské fary na klášter kanovníků sv. Augustina.
Když za vlády Josefa II. došlo k hromadnému rušení klášterů, třeboňští kanovníci doufali, že zrušení uniknou, protože císař ještě r. 1784 potvrdil klášterní privilegia. Nicméně 16. listopadu 1785 se dostavila do Třeboně komise a přečetla zrušovací dekret.
Na severní straně kostela přiléhá jednopatrová budova konventu čtvercového půdorysu, s křížovou chodbou z konce 14. století, dochovanou v téměř neporušené podobě. V chodbě nejvíce upoutají překrásné kružby gotických oken a nástěnné malby z konce 14. až 16. století. Do středu východního křídla křížové chodby se otevírá kaple sv. Nádvoří kláštera tvoří komplex budov většinu barokního slohu z 18. století.
Výjimkou je budova s gotickou kaplí sv. Vincenze, kterou nechal roku 1380 postavit Petr z Rožmberka. Kaple nejprve sloužila jako soukromá kaple Rožmberků a roku 1395 byla darována klášteru. Západní trakt bývalého kláštera slouží od r. Zajímavostí je propojení kláštera s místním zámkem. Je to tzv. Dlouhá chodba, která vede přes Budějovickou bránu.
Jsou to tři oltářní desky Mistra Třeboňského. O Mistru Třeboňském nevíme nic, přesto toto jeho dílo patří k vrcholům gotiky ve Střední Evropě. V polovině 18. století byly z klášterního inventáře vyřazeny a dostaly se do různých kostelíků Třeboňska. Zachráněny byly teprve v 19. a 20. století.
Další významnou památkou je z doby kolem roku 1400 Madona Třeboňská, která představuje gotickou madonu tehdejšího „krásného slohu“. Třeboňskou Madonu proslavil český básník a nositel Nobelovy ceny Jaroslav Seifert, který po návštěvě Třeboně v roce 1946 napsal oslavnou báseň Prsten Třeboňské Madoně. Tuto báseň lze v Třeboni v kostele slyšet recitovat o Noci kostelů.
O oltář v kostele sv. Jiljí bývá někdy diskutováno. Jeden z pohledů uvádí, že oltář v kostele sv. Jiljí namaloval Michael z Neapole, mistr cechu sv. Lukáše, který byl povolán Rožmberky z Prahy. Dnes jsou obrazy Mistra Třeboňského, které vznikly za doby Karla IV., umístěny v Národní galerii v Praze a autor bývá uváděn jako Neznámý. V třeboňském kostele Panny Marie Královny a sv. Jiljí je na hlavním oltáři výjev Nanebevzetí Panny Marie a korunovace P. Marie, pod kterým je znázorněn svatý Jiljí. Tento obraz pochází z první poloviny 18. století.
V areálu kláštera je na budově latinský text spolu s letopočtem v římských číslicích. Bohužel některá čísla (písmena) letopočtu jsou špatně čitelná. Dne 5. listopadu 2014 uspořádal Svaz tělesně postižených výlet do Třeboně a prohlídky Augustiniánského kláštera; účastníci vyzdvihli hluboké znalosti pana kostelníka a jeho srozumitelnou formu výkladu o dějinách gotiky a dalších památkách v okolí.
Propojení kláštera s místním zámkem tvoří známá „Dlouhá chodba“, která vede přes Budějovickou bránu. Jsou to významné památky období gotiky a baroka, z nichž nejvýznamnějšími jsou zmiňované Desky Mistra Třeboňského a Madona Třeboňská, které dodnes dotvářejí historický ráz města.
Historická a umělecká hodnota kláštera
Klášter je svědkem změn v církevní správě během 14. až 18. století, ale zároveň uchovává množství gotických a raně barokních slohových prvků. Do dnešních dnů si zachovává jedinečné chodby a kaple, které svědčí o důležitosti Rožmberků pro výstavbu a kulturu tehdejšího regionu. Kaple sv. Vincenze a gotické oltářní desky od Mistra Třeboňského patří k nejvýznamnějším dokladům české gotiky, zatímco Madona Třeboňská ukazuje přechod k „krásnému slohu“ a vliv mezinárodních uměleckých proudů.
