Kamenný kostel sv. Anny byl postaven v letech 1685-1687 v odlehlé části panství Skály (Malá Skála) v majetku hrabat Des Foursů. Protože Jablonec byl jen malou osadou, patřil pod církevní správu ve Bzí. V roce 1706 byla přistavěna věž a v roce 1737 došlo z iniciativy maloskalské vrchnosti ke zřízení samostatného jabloneckého farního úřadu a osamostatnění zdejší duchovní správy. V osmdesátých letech 18. století dosáhl Jablonec takového stupně rozvoje, že v roce 1784 díky donátoru byl vedle anenského kostela založen špitál pro místní obyvatele v nouzi.
Křižovatka pod Kostelním vrchem (Kirchberg) s vedle stojícím kostelem sv. Anny, protější farou, okolním hřbitovem, nedalekým špitálem, hospodou a o něco vzdálenější školou byla po staletí historickým středem Jablonce. Až po povýšení Jablonce na městys roku 1808 začal ve své charakteristické nakloněné podobě vznikat Starý trh (Alter Markt, dnes Mírové náměstí), první náměstí v Jablonci. Anenský kostel byl v průběhu let mnohokrát opravován a přestavován. Z devíti zásadnějších oprav je možno uvést rok 1802, kdy byla již natolik poškozená horní část kostelní věže, že hrozilo její zřícení. Věžní báň byla znovu poškozena při bouři v roce 1859 a opětovně renovována. V roce 1840 byly pořízeny plány na přístavbu sakristie. Již po roce, na svátek sv. Anny, byla slavnostně předána do užívání.
Původně barokní fasáda byla vystřídána až do současnosti zachovanou fasádou novorenesanční. Význam kostela sv. Anny poklesl, když byl ve třicátých letech dvacátého století postaven na dnešním Horním náměstí (dle architektonického návrhu Josefa Zascheho) nový kostel Nejsvětějšího srdce Ježíšova s budovou děkanství. Kostel sv. Anny se stal v roce 1943 oficiálně kostelem filiálním a fara byla roku 1944 předána do užívání kongregace redemptoristů. Záměr vytvořit u kostela sv. Anny další samostatnou farnost se nakonec nenaplnil. Po komunistickém puči v roce 1948 byl náboženský život v Československu omezován se záměrem celkové likvidace.
V sedmdesátých letech 20. století proběhly opravy nevalné kvality s výjimkou klempířských prací. Kostel byl však záhy uzavřen. Odvezeno bylo vnitřní vybavení, zůstaly jen zašlé lavice, zcizeny byly varhanní píšťaly. První výraznější opravy kostela však nastaly až později. Zásadní obrat nastal v roce 2003 díky možnosti ucházet se o finanční prostředky Evropské unie na záchranu kulturního dědictví. V rámci Společného regionálního operačního programu byla rekonstrukce financována a v roce 2004 byl kostel sv. Anny církví bezúplatně převeden do majetku města, čímž bylo umožněno financování rekonstrukce z dotací. V září 2006 byl při příležitosti Dne evropského dědictví kostel slavnostně předán k užívání.
Za pozornost stojí zejména brilantně zrestaurovaná vitrážová okna (provedla firma Vitráž ze Svoru), unikátní lustr z českého křišťálu ve formě trnové koruny od designéra Jaroslava Bejvla ml. Kostel sv. Anny při Dnu evropského dědictví 2015. Kostel ani při převodu do vlastnictví města a následné rekonstrukci neztratil statut liturgického prostoru římskokatolické církve. V současné době je v programové správě městské organizace Kultura Jablonec, p. o. a zejména v teplejších měsících se v něm konají koncerty, výstavy a další kulturní akce, které mají respektovat pokračující liturgické zasvěcení budovy.
Marek Eben a varhaník Tomáš Thon, Labyrint světa a ráj srdce, 13. září 2014. Informace k programu v kostele sv. Anny jsou zveřejňovány na internetové stránce Kultura Jablonec, p. o. Kostel sv. Anny je pro svou akustiku zvláště vhodný pro koncerty varhan a pro sborový zpěv. DPS Iuventus, gaude! (sbormistr T. Pospíšil) při společném koncertu s houslistou Alexandrem Shonertem. Pořad SHALOM - POKOJ, 2014.
Tradicí jsou letní koncerty se začátkem v 17:00; první koncert bývá v děkanském kostele a varhany doplní hudbu. Jak vyplývá z programu hudebních festivalů, nebude to jen jeden nástroj; závěrečný koncert 26. srpna může přinést „varhany pro čtyři ruce“. Koncerty přináší Musica Varia s podporou církví a dalších institucí.
Kostel Povýšení sv. Kříže (nám. B. Hraběte) a další sakrální objekty v regionu spolu s Nocí kostelů vytvářejí bohatou kulturní síť: program vyzdvihuje architekturu, hudbu, historii a komunitní angažovanost. Noc kostelů na Jablonecku je koncipována jako otevření míst, která bývají mimo běžný provoz, a propojuje kostely v různých městech a vesnicích regionu.
V dnešní době je kostel sv. Anny součástí programové správy města a slouží jako prostor pro koncerty, výstavy a další kulturní akce, které respektují liturgické zasvěcení budovy. Návštěvníci mohou vnímat jeho bohatou historii od původní barokní podoby po novorenesanční fasádu a současný funkční liturgický prostor.