Kostel sv. Františka Serafinského se nachází v těsném sousedství piaristického kláštera a zámku. Lipnickou vrchností byli tehdy Petr Vok z Rožmberka s manželkou Kateřinou z Ludanic. Bratrský kostel byl postaven v goticko-renesančních formách. Kostel byl vybudován na půdorysu obdélníka, s trojbokým presbytářem, sevřeným dvojicí věží. Z původní stavby se dochovala dispozice kostela včetně obvodových zdí kněžiště s opěrnými pilíři, později upravená klenba kněžiště a dvojice věží, z nichž severní je vyzdobena sloupkovými arkádami s balustrádou. Bylo to výjimečné dílo, protože bratrské kostely jinak obecně věže nemívaly. Druhá, jižní věž, nebyla dostavěna do zamýšlené výše. Po necelých 100 letech (1682 - 1687) byl kostel, v té době již zasvěcený sv. Františku Serafinskému, piaristy přestavěn ve stylu raného baroka. A to podle projektu vídeňského císařského architekta Giovanni Pietro Tencally, představitele raného baroka ve střední Evropě.
Kostel má velmi dobrou akustiku a zvláště v poslední době jsou v něm pravidelně pořádané koncerty. Uměleckým skvostem je monumentální vstupní brána s půlkruhovým záklenkem, který je vyplněn tepanou barokní mříží z roku 1757. Plastika nad bránou představuje Zjevení sv. Terezie sv. Josefu Kalasánskému, zakladateli řádu piaristů. Její autorství je připisováno Františku O. Hirnlemu. Kaple sv. Josefa byla postavena za působení děkana Jiřího Balšánka, který se zasloužil také o vybudování chudobince sv. Alžněty a dalších kaplí ve farnosti.
V průběhu let došlo k významným změnám a úpravám. Po bitvě na Bílé Hoře dostal panství olomoucký biskup František Dietrichstein a v roce 1634 piaristé Lipník nad Bečvou pozvali. Po necelých dvou stoletích byla bratrská kolej rozšířena a v roce 1673 vedle stojící školní budova. V letech 1660-1670 byla postavena nová kolej, roku 1673 vedle stojící školní budova. V roce 1643 byl kostel věnován piaristům, kteří jej přestavěli v raně barokním stylu. Stavbu stavěli rovněž italští kameníci, kteří se v té době podíleli na výstavbě města. Projektantem této významné stavby byl patrně Baldassare Maggi z italského Arogna. Po požáru a dalších změnách byl interiér upravován, a kostel získal dnes známý vzhled raného baroka.
Kostel sv. Františka Serafinského se vyznačuje dvěma věžemi, z nichž severní věž je zdobená sloupkovými arkádami s balustrádou. Výzdoba zvonice a kopule kaple, stejně jako vstupní brána, patří k nejvýznamnějším architektonickým prvkům. Zvony a zvonice v Lipníku nad Bečvou prošly během 20. století výraznými změnami a rekvizicemi kvůli válkám; některé zvony byly transportovány, jiné zničeny a následně nahrazeny novými. Zvonice samotná je považována za unikátní renesanční stavbu na Moravě a její výška dosahuje 24 metrů. Ve zvonici jsou dnes umístěny nejstarší zvony, včetně Jakuba, Vavřince a Michala, přičemž historické příběhy ztělesňují městskou paměť.
Kaple a meditační zahrada doplňují areál bratrského a piaristického dědictví. Kaple sv. Josefa byla postavena v roce 1695 v raně barokním stylu a sloužila jako součást chrámového komplexu. Kaple sv. Rocha je barokní stavba v Osecké ulici, postavena na památku morové epidemie v roce 1716. Meditační zahrada přiléhá k východní straně presbytáře farního kostela sv. Jakuba a nabízí klidný prostor pro relaxaci a duchovní rozjímání; zahradu doprovází několik stavebních a výtvarných prvků a vybraný set květin a travin, včetně modelového prostoru pro hru Člověče nezlob se. V průběhu let zahrada prošla rekonstrukcí a rozšířením, včetně dřevěné plastiky Velryby z let 2013.
Kostel sv. Jakuba Většího, který stojí na nejstarším území města, má bohatou historii zvonů a věží. Věž byla zvýšena v roce 1596 a završena renesančním arkádovým ochozem a bání; ve věži byl byt hlásného a do roku 1604 postupně pořízeny tři zvony. V roce 1609 byl postaven samostatný zvonice za podpory města Lipníka. Zvonice je největší zachovanou pozdněrenesanční zvonicí na Moravě a vyznačuje se masivní hranolovou konstrukcí s charakteristickými arkádovými prvky. Roku 1645 chtěl švédský generál věž rozbořit, ale k zničení nedošlo. Z největších zvonů byly v roce 1695 odlity různorodé rytiny a dekorace; zvony s reliéfem Michaela Archanděla a dalšími motivy sloužily jako umíráček. Farní kostel Jakuba prošel řadou rekonstrukcí, byl několikrát požárem a v 18. století byl barokně upraven. Věž Kostela sv. Jakuba má výšku 51,83 m a šířku 7,21 m; ochoz ve výšce 32,29 m. Dnešní kaple a interiéry obsahují prvky z 60. let 18. století.
Celkově lze říci, že Lipník nad Bečvou se pyšní unikátním spojením bratrské a piaristické architektury, kde dvě dominující stavby s renesančními arkádami na věžích představují jedinečné svědectví o stavebním vývoji regionu. Kromě samotných staveb sem patří i rozsáhlé kaple a kaple sv. Rocha a Kaple sv. Josefa, které dotvářejí tematickou a duchovní síť města. Kostely jsou často využívány pro koncerty a kulturní programy díky jejich výjimečné akustice a reprezentativní architektuře.