Vltavický kostel, známý jako kostel Panny Marie Pomocnice a sv. Kajetána, představuje unikátní splynutí románských, gotických a barokních slohových vrstev na území, jež bylo v 12. století součástí majetku johanitů. Klášter Johanité byl v letech 1156-1159 rozšířen na předmostí Juditina mostu a kostel se sem postupně vázal jako hlavní sakrální centrum. Klášter náleží Českému velkopřevorství Řádu maltézských rytířů, který byl původně spojen s italskými kupci a v průběhu staletí se vyvinul ve vojenský a špitální řád.
Historie kostela začala kolem roku 1158, kdy byl klášter založen a kostel vystavěn; vysvěcení a potvrzení vlastnictví papežem přišly do roku 1182. Gervasius, vyšehradský kancléř, a jeho vnuk Martin, podkancléř, přispěli na výstavbu z vlastních prostředků; jedná se o románskou trojlodní baziliku s nejstarší částí na východě a západní částí končící průčelím s věžemi. Gotická přestavba začala zřejmě v roce 1314, kdy Johanité získali prostředky prodejem majetku po templářích. Románská bazilika byla do značné míry zbořena a nahrazena gotickou lodí, kterou zřejmě prováděla parléřovská huť, avšak dokončena nebyla.
Se sakristií přistavěnou k severnímu boku presbytáře sloužilo její podzemí jako krypta; zbytky gotických nástěnných maleb se dochovaly v chodbě před sakristií. Na severní straně vznikly základy pilířů arkád, částečně byly vystavěny věže na západě a štít mezi nimi - to vše naznačuje původní záměr výstavby gotického chrámu, kterou přerušil vpád husitů. V době vlády následníka Václava IV. žil sv. Jan Nepomucký, o němž se vypráví legenda o jeho shození z Karlova mostu a utopení v řece.
Současný kostel je vlastně presbytář plánované gotické stavby, rozšířený až při renesanční přestavbě ve 2. polovině 16. století o poslední, západní pole kruchty. Během 17. století byl zbarokizován, přičemž hlavní zásahy provedl Carlo Lurago spolu s kamenictvím Giovannim Battistou Spinettim; v této podobě zůstal dodnes. Na hlavním oltáři je barokní obraz Karla Škréty Madona žehnající maltézským rytířům v bitvě u Lepanta z roku kolem 1651; ve svatostánku závěru jižní boční lodi dominuje obraz Stětí sv. Barbory z roku 1674. Oltáře v jižní lodi dále představují P. Marie a Svatá Alžběta a P. Marie Pomocná; zde je ve vitríně kopie obrazu P. Marie Čenstochovské.
Pod kruchtou je oltář P. Marie s vitráží dřevěné sochy Madony, pravděpodobně barokní kopie pozdně gotického originálu; mimo to visí obraz Stigmatizace sv. Františka z první poloviny 18. století. Sochařská výzdoba kostela je do značné míry dílem Jana Petra Wendy; zvláštní pozornost si zasluhuje socha v arkádě mezi hlavní a boční jižní lodí od Emmanuela Maxe z roku 1850, zobrazující hraběte Rudolfa Colloredo-Wallsee, bývalého velkopřevora a obránce Prahy. U sloupu je zvláštní tím, že ačkoliv se jedná o katolický chrám, má na hlavě klobouk.
Historicky významný byl rod Žádná z řádů, včetně toho Maltézského, jenž vznikl z bratrstva italských kupců z Amalfi; ho schválil papež roku 1113 a první velmistrem se stal blahoslavený Gerad. Mezi významné velmistry patří Jean Parisot de la Vallette (zvolen 1557), který z Malty učinil nedobytnou pevnost; na jeho počest bylo hlavní město nazváno Valletta. Po pádu Jeruzaléma v roce 1187 se Johanité usídlili na Kypru, poté na Rhodu a v roce 1534 jim císař Karel V. udělil Maltu, kde působili až do dobytí Napoleonem. Od roku 1834 sídlí velmistr v Římě na Aventinu.
Řád se dělil na kněžskou složku (mnichové) a vojenskou (rytíři); jejich znakem je stříbrný kříž v červeném poli spolu s osmihrotým maltézským křížem symbolizujícím osm ctností. Prvním svatostánkem v tomto místě byla kaple Panny Marie, postavená v roce 1714 na místě sloužené mše pod širým nebem; základní kámen položil děkan P. Matthies Schlapach a oltář posvětil 9. června 1714 biskup Daniel Josef von Mayern. Kostel byl vysvěcen 24. září 1724, a k němu byla současně vystavěna fara a škola. Po vysvěcení pokračovalo stavební a umělecké doplňování, přičemž oltářní obrazy patronů a další obrazy byly zakoupeny v letech 1724-1725 a varhany byly dokončeny v následujících letech.
Vrcholem byla výstavba věže a dvou zvonů v roce 1728; kostel byl dokončen a kaplanství povýšeno na farnost. V 19. století došlo k dalším úpravám: podlaha byla pokryta prkny (1829), v 1833-1841 zavedené poplatky z lavic a následně z bohoslužeb. V roce 1853 byl zřízen kaplan s pomocí dotace kvůli velkému počtu farníků, a v roce 1859 došlo k dalším rozšířením kostela. Pseudobarokní kazatelna pochází z této doby; v roce 1914 byl po opravách instalován současný hodinový stroj ve věži a v roce 1862 byl po prvním křišťálovém lustru darovaném Kralikem na světlo, jenž byl později nahrazen novým lustrem v roce 1902. Okenní obrazy evangelistů Jana a Matouše pochází z lenorské sklárny, která věnovala i křížovou cestu a další výzdobu. Varhany dnes nejsou původní, ale kostel hostí nástroj z roku 1812 od tachovského varhanáře Gartnera, který byl prohlášen za kulturní památku.
Vltavický kostel byl svědkem různých událostí: v roce 1957 zde byli oddáni Vladimír Ráž a Alena Vránová a zdejší rodina a umělci se podíleli na bohaté kulturní scéně. V kostele působí i komunitní aktivity a veřejné akce, a to včetně mší při svátku patronky (27. červen). Kostel je také spojován s J. B. Santini-Aichem, jehož dílo bývá připomínáno při různých příležitostech; v posledních letech se konají koncerty i během bohoslužeb.
Další kostely a související projekty připomínají moderní sakrální architekturu spojenou s komunitní službou. Kostel Panny Marie Pomocnice v Brně-Žabovřeskách, který není náš hlavní předmět, je moderní stavba spojená s salesiánským působením a s iniciativou prevenčního systému svatého Dona Boska; jeho vznik ve 20. století ukazuje návaznost na různé modely farářského a komunitního působení v českých zemích. Zajímavým prvkem areálu je osvětlení kostelní věže, instalované v roce 2015 při příležitosti 20. výročí posvěcení kostela, a ukazuje, jak moderní technologie doplňují duchovní prostor.
V rámci širšího pohledu na cestování a historii regionu patří Zlatá stezka, která propojuje historické stezky z Čech na Podunají; v 16. století získala název Goldene Steig, a současná síť 631 kilometrů značovaných cest s logem ve tvaru S představuje moderní turistickou infrastrukturu, která vede i k místům historické i kulturní hodnoty, jako je Javorná.