Architektonicky nenáročná pozdně barokní jednolodní stavba s mírně odsazeným presbytářem a předsunutou hranolovou věží byla postavena v letech 1818-1820 z odkazu Mariany Laštůvkové a darů Kryštofa Kintzera (1754-1832), bývalého převora zrušeného cisterciáckého kláštera ve slezských Rudách. Jedná se již o třetí kostel téhož zasvěcení na tomto místě. Původně se jednalo o hřbitovní kostel Dlouhé Vsi, jež s městem sousedila a splynula s ním teprve v průběhu 19. století. Hřbitov dále sloužil obyvatelům Bobrovníků, Darkoviček, Vřesiny a Hlučína, i když měšťané až do roku 1805 stále ještě využívali hřbitova okolo farního kostela sv. Jana Křtitele.
První dřevěný kostel sv. Markéty zde vybudoval v roce 1538 Kryštof ze Zvole, ale o sto let později ho zcela vyhořel (patrně v roce 1638). Znovu byl vystavěn až v roce 1648. Jednalo se o orientovanou roubenou dřevěnou stavbu, dodatečně doplněnou o oltářní obraz sv. Markéty a sochy sv. Barbory a Kateřiny. Tento svatostánek lehl popelem během velkého požáru Dlouhé Vsi dne 27. září 1802. V dubnu 1818 se započalo se stavbou současného zděného kostela, vysvěceného v říjnu 1820. Oltářní plátno se sv. Markétou nechal namalovat kolem roku 1820 Kryštof Kintzer, obrazy Ukřižování a Vzkříšení Krista pro boční oltáře objednal hlučínský farář Jáchym Richtarský (1830-1887) u zdejšího rodáka, malíře Jana Bochenka (1831-1909) v sedmdesátých letech 19. století. V roce 1917 uvažoval farář Hugo Stanke (1861-1921) o výtvarně náročné neobarokní rekonstrukci interiéru (projekt vypracoval architekt Hanns Schlicht z Vratislavi), ale realizováno bylo jen nemnohé.
Kostel kompletně vyhořel 28. dubna 1945 během přechodu fronty na konci druhé světové války. Farní kostel sv. Hřbitovní kostel sv. Kaple sv. Socha sv. Naproti kostelu sv. Prokopa, na druhé straně řeky Otavy, stojí městský kostel sv. Markéty. Byl postaven na ostrově mezi hlavním a vedlejším ramenem řeky Otavy. Pohled na kostel sv. Markéty vlevo a kostel sv. Ačkoli o to měšťané vždy v minulosti usilovali, kostel sv. Datum vzniku kostela sv. Markéty není přesně znám. Je doložen špitál sv. Markéty, uvedený na listině z roku 1318. U špitálu nepochybně stávala špitální kaple zasvěcená sv. Markétě. Zakladatelem špitálu byl zřejmě pan Bavor III.
Ve 14. století byl u špitálu zřízen hřbitov, užívaný až do 16. století. Od 16. století převzal všechny pohřby hřbitov u kostela sv. Přestože byl kostel sv. Markéty pod patronátem řádu johanitů, konaly se zde utrakvistické bohoslužby až do doby pobělohorské. Velký počet utrakvistů ve městě a poměrný blahobyt na konci 16. století vedly k přestavbě kostela do dnešní velikosti. Kostel byl postaven ve stylu pozdní gotiky s četnými renesančními prvky. V roce 1585 byl zvonařem Mikuášem Prachatickým ulit nový zvon sv. Markéta se znakem města. Po dokončení stavby zde byl zrušen hřbitov.
Socha sv. Kostel býval vyzdoben renesančními sgrafity. Na kostelní věži bývala cibulovitá střecha s ochozem a světničkou pro ponocného. V podstatě od počátku trpěl kostel nejen častými záplavami, ale také závažnými statickými poruchami. S těmi se potýká dodnes. V roce 1995 musel být kostel dokonce kvůli havarijnímu stavu ze dne na den uzavřen. Roku 2006 byl po 11-ti letech kostel znovu otevřen. Žehnání zvonu: v roce 2018 byl pořízen zvon sv. Jana Nepomuckého (ladění d2, hmotnost 209 kg, průměr 71 cm), který požehnal na svátek patrona zvonu 16. 5. 2019 českobudějovický biskup Mons. ThDr. Vlastimil Kročil, Ph.D. Odlití financovali mnozí dárci z farnosti jako připomínku výročí zázraku záchrany Rozálie Hodánkové (1718).
< tagimg>Historický výjev a oltáře uvnitř kostela sv. MarkétyText byl sestaven s využitím materiálů Ing. arch. Mgr. Bc. Původně gotický kostel sv. Markéty stojí na skalnaté vyvýšenině uprostřed obce. Areál kostela se hřbitovem, novorománskou kaplí a márnicí je přístupný přímým schodištěm, vedeným k západnímu průčelí na podélnou osu kostela. Neužívaný hřbitov vymezuje vysoká ohradní zeď otevřená bránou. Kostel má drobný pravoúhlý presbytář s křížovou žebrovou klenbou, k němuž přiléhá rozlehlejší plochostropá loď, oddělená půlkruhovým vítězným obloukem. Na severní straně presbytáře je přístavek sakristie s valenou klenbou se styčnými výsečemi. Loď doplňují na severní a jižní straně boční kaple Panny Marie a Sv. Anny. K západní straně lodi přiléhá vysoká věž s bání a lucernou. Loď je přístupná barokním portálem věže přes podvěžní přísíň. Na západě lodi je dřevěná kruchta, obloukovitě vypjatá do prostoru lodi a nesená čtyřmi sloupky, se samostatným venkovním vstupem a se schodištěm v jihozápadním koutě lodi.
Okna lodi jsou barokní, na východní straně presbytáře se však dochovalo původní gotické okénko a na jižní straně jeho pozůstatek. Kostel má jednoduché fasády a poměrně nízké střechy. Celé toto mistrovské dílo vzniklo na začátku 18. století v období vrcholného baroka. Nebyla to ale prvotní podoba kostela. Před barokní přestavbou se zde nacházel malý renesanční kostel, který roku 1631 do základů vyhořel. Žár požáru byl tak velký, že roztavil i zvony ve věži. Tehdy lidé z Jaroměřic kostel sami do 50 let opravili.
Roku 1700 se panství Jaroměřic ujímá Jan Adam z Questenberka a zahajuje přestavbu kostela s myšlenkou vytvořit nejkrásnější barokní kostel v okolí. Inspiraci hrabě našel při své cestě po Evropě a zamiloval si Francii a Versailles. Stavbu kostela však zásadně poznamenal nedostatek financí, proto už v průběhu stavby byl hrabě nucen slevovat ze svých představ. Kostel byl vysvěcen roku 1739 s nedostavěnou jižní věží. Úplné dokončení stavby proběhlo až roku 1782, kdy byl kostel dostavěn co nejjednodušeji. Postupem času ale kostel začal vyžadovat náročnou údržbu, což nakonec dospělo k velké opravě v 60. - 80. letech 20. století, o kterou se nejvíce zasloužil zdejší děkan Václav Küchler, který v kostele působil 40 let.
I přes všechny opravy se však nedařilo zastavit chátrání stavby a stav kostela se stále zhoršoval. A proto bylo nutné v letech 2019-2022 zahájit druhou velkou opravu, která kostel uvedla opět do výborného stavu. Po poslední opravě byla přidána díla mistra Otmara Olivy, které můžete vidět v rámci prohlídek (křtitelnice, ambon, oltář a věčné světlo). Nejvzácnější a nejkrásnější částí kostela je stropní freska o rozloze 450 m2. Autorem této fresky je Karel František Antonín Tepper, který zde vymaloval nebe svatých mučedníků. Vrcholem fresky je Boží Oko v lucerně, které je 44 metrů vysoko.
< tagimg>Stropní freska a Boží OkoJe doloženo, že prvním známým správcem farnosti v Jaroměřicích byl v roce 1326 jistý Čeněk. Kostel tedy provázel dějiny města už od samého začátku. Jaroměřičtí duchovní jsou často zmiňováni v papežských listinách (např. 10. října 1360 Konrád ze Znojma nebo z roku 1394 Jan ze Štítar, který získal od papeže právo přenosného oltáře). Další zmínka o místním kostele v papežských spisech je z roku 1400, kde je uvedeno, že kostel sv. Markéty je poutním kostelem, a také je zde uděleno právo jaroměřickému faráři přizvat si pro udílení pokání o svátku světice a dva další dny na výpomoc šest řeholních nebo světských kněží. Zpovědníci měli právo udílet pokání a rozhřešení v takovém rozsahu jako o poutích v kostele sv. Marka v Benátkách. Toto privilegium bylo v pozdějších stoletích zapomenuto.
Nejen historie, ale i architektura si vyžádala úpravy; kostel sv. Markéty prošel řadou stavebních úprav. Na vedutě umístěné v zámku je viditelná stavební podoba, která vznikla za pánů z Lomnice, řadou změn prošel kostel také při velké přestavbě za Jana Antonína Questenberka. Nejvýznamnější a současná podoba kostela ovšem vznikla za života Jana Adama Questenberka. Tato barokní přestavba byla realizována téměř současně s přestavbou zámku v letech 1710 až 1739, kdy byl ještě ne zcela dokončený kostel vysvěcen. Na jeho vzniku se s největší pravděpodobností podílel Jakub Prandtauer. Iniciátorem přestavby byl již zmíněný hrabě Jan Adam z Questenberka, kterého k tomuto rozhodnutí vedly praktické důvody po požáru a estetické okouzlení barokní západoevropskou architekturou.
Kostel je klasicky východně situovaný, loď má tvar mírné elipsy, délka lodě je 20 metrů a šířka necelých 15 metrů. Na bocích lodi vidíme dva boční oltáře. Oba oltářní obrazy znázorňují disputace (o tajemství Nejsvětější trojice a o tajemství Neposkvrněného Početí) a namaloval je Innocenc Moscherosch, s sochařskou výzdobou. Většina soch v kostele je dílem dolnorakouského sochaře Kašpara Obera, který je také autorem sochařské výzdoby v zámeckém parku. Malé boční oltáře slouží jako relikviáře. Vlevo u předního oltáře stojí cínová křtitelnice z roku 1612 od jihlavského cínaře Lukáše. Kazatelna byla vyřezána Janem Joachimem Hitzendorfem v roce 1698 a odpovídá vzorům pozdní gotiky a renesance. Naproti kazatelně je mariánský oltář pocházející ze zámecké kaple v Maříži. Hlavní oltář chrámu je zasvěcen sv. Markétě, jejíž socha stojí za oltářem jako patronky kostela. V prvním patře lodi jsou čtyři malé postranní kruchty pro zpěváky, hlavní kůr a na postranních kůrech sbor podle hlasů.
Autorem freskové výzdoby v lodi kostela je malíř Karel František Tiipper. V cviklech pod první římsou jsou v přední části vyobrazeni čtyři evangelisté, v zadní části čtyři církevní otcové. Mezi dvěma římsami je prostor nazývaný tambur, který má zvyšovat loď kostela. Alegorické postavy mezi okny představují osm blahoslavenství. Bylo obvyklé umisťovat výjevy i na klenbu; na klenbách se obvykle objevují výjevy odehrávající se v nebi.