Kostel svatého Markéty představuje nejstarší dochovanou stavební památku Golčova Jeníkova a zároveň hřbitovní kostel tohoto místa. Sloužil svému účelu již ve 14. století, přesto však písemné doklady o jeho založení chybějí.
Od počátku husitské doby patřil kostel utrakvistům, kteří zde zbudovali faru. Roku 1627 museli utrakvisté faru opustit a v Čechách se oficiálním náboženstvím stává tzv. pod jedno, zatímco kostel sv. Markéty slouží nyní katolíkům, protože kostel sv. Kříže na náměstí utrpěl v průběhu třicetileté války značné škody.
Roku 1650 nechal generál Goltz zřídit při kostele sv. Markéty katolickou faru, ale často zůstávala prázdná, a duchovní správu vykonávali kněží z farnosti Vilémov - Klášter s podstatnou pomocí jezuitů z jeníkovské rezidence. Teprve Leopold Krakovský z Kolovrat se roku 1775 podařilo zřídit v Jeníkově faru trvale a zasloužil se také o povýšení na děkanství v roce 1783.
Bohužel tehdy začal úpadek kostela sv. Markéty, protože centrum náboženského dění se přesunulo do kaple sv. Františka z Assisi. Po zrušení jezuitského řádu plní bývalá domácí kaple jezuitů úlohu farního kostela. Bohoslužby, zvláště při mariánských poutích, se konaly také v loretánské kapli a na prostranství kolem ní.
Roku 1800 je kostel sv. Markéty uváděn již jako zpustlý. Při rozšiřování hřbitova roku 1821 nechává tehdejší majitelka panství Louisa hraběnka Herbersteinová starou stavbu strhnout a zbudovat novou, která je pak rekonstruována roku 1905. K dalším velkým opravám dochází v letech 1965-1966 a naposledy v letech 1995-1996. Kostel sv. Markéty slouží nyní jako smuteční obřadní síň.
Jedná se o jednoduchou kamennou stavbu složenou z čtvercového presbyteria a obdélné lodi. K východní straně přiléhá čtverhranná věž s jehlancovitou střechou. Z původní stavby se zachoval gotický portálek, který zdobí severní zeď kostela. Pozornost však poutají hlavně náhrobní kameny, původně umístěné v presbytáři. Po opravách v roce 1996 byly rozesazeny v chrámové lodi. Nejstarší náhrobky pocházejí ze 16. století a patří rodům Libenických a Robmhápů, jejichž členové vlastnili Jeníkov v průběhu 16. a 17. století.
- Historie a svědectví o změnách náboženské správy od 14. století po 18. století.
- Architektura kostela: jednoduchá kamenná stavba, presbyterium, loď, čtvrtverná věž a gotický portálek.
- Pozůstatky náhrobních kamenů a jejich význam pro místní šlechtické rody.
V současnosti slouží kostel sv. Markéty jako hřbitovní a smuteční síň, která propojuje bohatou minulost s aktuálním významem pro komunitu Golčova Jeníkova.
