Kostel byl vystavěn goticky na základech staršího, patrně ještě románského kostela. Dnešní barokní podoba pochází z let 1727-1731 a vysoká štíhlá jehlancovitá střecha věže patří k typickým siluetám Malé Strany. Farní kostel tvoří nedílnou součást augustiniánského kláštera a velikostí i výzdobou se řadí mezi nejvýznamnější pražské kostely. Bohoslužby jsou pořádány také v angličtině a ve španělštině.
Předchozí gotický kostel byl založen r. 1285 Václavem II. na základech staršího, nejspíš románského kostela, pro augustiniány. Tento dar krále a souhlas pražského biskupa Tobiáše podmínil jejich vstup do Prahy, klášter byl postaven v sousedství kostela. Většina původního románského kostela novostavbou zanikla - zůstala jen severní stěna. Poč. 14. století byla stavba dokončena r. 1379, z období kolem 1/2 14. století pocházejí fresky dochované v sakristii, které vznikly nejspíš z popudu olomouckého biskupa a Karla IV. V období husitství byl klášter vypálen a téměř zničen, kostel byl poškozen, ale zůstal jako jeden z mála v Praze katolický. Řeholníci se potýkali s nedostatkem financí, k významnější obnově došlo až na přelomu 16. a 17. století v pozdně renesančním slohu.
V tomto období vznikl např. oltářní obraz sv. Během 30leté války byl klášter nucen odprodat část pozemků, ale zároveň pokračovala výzdoba kostela - r. 1637 byly dodány hlavní oltářní obrazy Umučení sv. Tomáše a sv. R. 1723 byl kostel poškozen požárem a následná rekonstrukce (1727-31) byla svěřena Kiliánu Ignáci Dienzenhoferovi. V 19. a 20. století fasáda získala převážně barokní podobu s renesančními detaily, stavebně je rozeznatelný gotický původ stavby.
Nad portálem se nachází socha sv. Augustina od Jeronýma Kohla. Nad renesančním portálem z červeného mramoru na boční fasádě je socha sv. Strop hlavní lodi je členěn do 5 polí zaklenutých plackami, na nichž jsou fresky Václava Vavřince Reinera - výjevy ze života sv. Augustina. Z jihu sousedí s kněžištěm kaple sv. Z. Inventář vyniká hlavním oltářem podle projektu Kiliána Ignáce Dienzenhofera s kopiemi obrazů Petra Pavla Rubense, sochařskou výzdobou Jana Antonína Quitainera a řezbami sv. Augustina, Moniky a Ludmily od Ferdinand Maxmiliána Brokoffa. Oltáři a nástěnné detaily doplňují portréty a fresky jednotlivých světců.
V hlavní lodi je okázalá kazatelna navržená Filipem Quitainerem a Christianem Kovarem, pozůstatky sv. Bonifáce, oltář Jana Nepomuka, irský oltář, nádherné varhany s původní skříní z roku 1728 a píšťalami z roku 1923. V kostele jsou zachována i další umělecká díla. Kostel je dnes hlavní duchovní baštou zejména cizinců žijících v Praze, neboť se zde slouží církevní obřady v angličtině a španělštině. Mše probíhají v češtině v sobotu a ve všední dny ve 12:15, v neděli v 9:30 a večer v 19 hodin; v angličtině v neděli v 11 hodin a v sobotu v 18 hodin v kapli sv. Barbory; ve španělštině v neděli ve 12:30.
Turistické prohlídky je Lépe předem telefonicky nahlásit. Objevte klášter sv. Tomáše na Malé Straně. Kostel sv. Tomáše probíhá bohoslužby v angličtině i španělštině a nabízí programy pro děti a dospělé, studium Bible a další aktivity pro mládež.
Stavba byla stavěna od 14. století, za finanční podpory Lucemburků, jako konventní chrám augustiniánů a pohřební kostel lucemburských markrabat. Při obléhání Brna byl poškozen švédskými vojáky, ale ještě v 17. století se dočkal obnovy podle Jana Křtitele Erny. Ten na rozšířeném gotickém půdorysu vystavěl raně barokní trojlodí a mezi opěrné pilíře bočních lodí přistavěl kaple; přestavba začala roku 1661 a trvala deset let. Později, v letech 1749-1752, následovala barokní úprava kněstiště podle plánu Mořice Grimma. Autorem soch v Ernově průčelí kostela je Jan van der Furth. Původní augustiniánský klášter přiléhající ke kostelu sv. Tomáše tvoří součást jeho historického kontextu a současně i jeho duchovní života.
