Poslední večeře, jak ji Leonardo vyobrazil, totiž byla nesmírně nové dílo reprezentující počátek renesance v pravém slova smyslu, kdy se lidé místo k Bohu, jako tomu bylo v dobách gotických, obraceli zpět k člověku. Obraz Poslední večeře, namalovaný v letech 1494 až 1498 v milánském kostele Santa Maria delle Grazie, znázorňuje poslední jídlo Ježíše s dvanácti apoštoly.
Leonarda Da Vinci (1452-1519) však volí zcela novou techniku a maluje olejem na suchou stěnu, aby dosáhl svítivějších barev a vyhnul se spěchu kvůli vysychající omítce. Po bližším zkoumání tedy můžeme přijít na to, že apoštolové nemají dodělané nohy, nebo jim chybí úplně. Zajímavé to také bylo s výběrem tváře pro Jidáše, protože Leonardo stále nemohl nalézt dobrou předlohu pro největšího biblického zrádce, a tak vyslal své pomocníky, aby mu našli vhodného modela. Pomocníci opravdu svůj úkol splnili a takového muže přivedli, který říkal, že už mu modelem jednou stál.
Velice známá teorie, kterou proslavil román Dana Browna Šifra mistra Leonarda, říká, že muž, který sedí a odklání se od Ježíše, ve skutečnosti není apoštol Jan, ale sama Máří Magdalena. Na světlo světa totiž prosakují a vyplouvají dobové dokumenty, které říkají, že Magdalena byla Ježíšova družka a on ji často líbal na ústa. Zvláštní je i odklon obou postav na obraze; když si ti dva prohodí svá místa, zjistíte, že se k sobě láskyplně tulí. Podobné je i jejich oblečení, které jakoby kopírovalo toho druhého, a mezi dohadujícími se apoštoly lze spatřit záhadnou ruku třímající nůž, která nepatří nikomu z přítomných.
Historici a záhadologové říkají, že může patřit Petrovi, který se naklání k Janovi (Máři) a něco mu diktátorsky vysvětluje. Je snad možné, že se Petr dozvěděl pravdu o tom, kdo povede církev po Ježíšovi? That could be interpreted as Müller, ale to by bylo mimo text. Na malbu se totiž k jejímu docenění musíme podívat očima tehdejšího člověka; Poslední večeře byla nesmírně nové dílo reprezentující počátek renesance. Daleko zajímavější je pokus Slavisa Pesciho, který obraz zkusil sloučit s jeho zrcadlově obrácenou kopií; na myšlenku ho přivedla da Vinciho záliba v zrcadlovém psaní a výsledek je přinejmenším zajímavý.
Italský skladatel Giovanni Maria Pala dokázal dle v obraze údajně skrytých not zahrát 40vteřinovou melodii a vznikla tak hypotéza o hudbě skryté v díle. Probírala se na obraze jednoznačně přítomná symbolika spojená s číslem tři (svatou trojicí) a Leonardova oblíbená symetrie. V Itálii byl zřejmě nalezen skutečný Da Vinciho kód a jak se zdá, tentokrát může být skutečný. Poslední večeře je nástěnná malba z 15. století, jinak řečeno freska, kterou používala spousta renesančních umělců. Diskuze o tom, zda je na obraze Marie Magdaléna či Jan, doplňuje i fakt, že malba byla vytvořena na objednávku pro Ludovica Sforzu a Beatrici d’Este a že Leonardova technika oleje na suché omítce vedla k postupnému opotřebení barev.
Šifra mistra Leonarda a ostatní konspirační teorie nezřídka zmiňují, že šifra je jen mýtus, zatímco Poslední večeře zůstává důležitým dílem renesance bez prokázaných skrytých tajemství církve. Na rozdíl od Šifry mistra Leonarda nepřináší Poslední večeře žádná odhalení či temná tajemství umělce nebo katolické církve. Opravdu je to apoštol Jan?
