Areál kapucínského kláštera s kostelem svatého Františka Serafínského se nachází na okraji Zákup v severovýchodní části obce, východně od zámku, a tvoří důležitou kompoziční osu panoramy města. Celý areál je obklopen kamennou ohradní zdí, má obdélný půdorys a hlavní příjezdová komunikace je na západní straně, akcentovaná lipovou alejí a osově vedená k hlavnímu vstupu do kostela.
Kostel se nalézá na západní straně areálu, jednolodní s pravoúhlým presbytářem a sedlovými střechami. Na presbytář navazuje čtyřkřídlá klášterní budova s rajskou zahradou uprostřed - zděná, patrová stavba v stroze architektonizovaném stylu kapucínů. Podél jižního průčelí kostela prochází krytá přístupová chodba od hlavního vstupu k klášteru a jižno/východně od budovy kláštera se nachází klášterní zahrada.
Areál kláštera je cennou ukázkou barokní architektury s jednoduchým projevem kapucínského řádu, který tvoří městskou dominantu a součást komponované barokní struktury města a zámku. Konvent je čtyřkřídlý, patrový, kolem rajského dvora s nárožním rizalitem v severovýchodním průčelí; uvnitř je patrný ambitum a arkády v některých průčelích. Stavba byla postavena mezi lety 1682-1684 podle návrhu Bruno Budějovického (P. Bruna z Budějovic).
Historie kláštera je úzce spjata s donátorstvím vévody Juliuse Františka Sasko-Lauenburského, který si vybral Zákupy k odvděčení za přežití v bojích s Turky. V dubnu 1681 byl položen základní kámen a kostel byl vysvěcen 17. 9. 1684; náklady na stavbu činily 18 815 zlatých. Konvent byl dokončen v roce 1684 a od té doby byl propojen se skupinou staveb kolem kostela.
Po roce 1950 nastaly drastické změny: konvent byl násilně rozehnán a bourán, budovy sloužily jako kasárna a později obsadila areál sovětská vojska. Totální devastace nastala po odchodu okupantů; v následujících letech areál měnil majitele a pozemky zůstaly státním majetkem kvůli restitucím s církví, což ztížilo jeho obnovu. Podrobně se to uvádí v kronice: objekt přešel v roce 1957 do vlastnictví státu prostřednictvím Náboženské matice, když jej převzalo ministerstvo obrany; v roce 1990 koupilo objekt výrobní družstvo Redos Hradec Králové, které jej převedlo do vlastnictví družstva Dvůr Zákupy, a v roce 2004 se stala majitelkou Eva Havelková.
Majitelka Havelková investovala prostředky ze svého, plus podporu z ministerstva kultury a Libereckého kraje, aby byla provedena základní vyklizení, zabezpečení a provizorní zastřešení. Avšak dlouhodobé rekonstrukční práce zůstávají mimo dosah kvůli nedostatku grantů a problémům s financováním z EU a státních zdrojů. Ministerstvo kultury podle vyjádření majitelky neposkytuje prostředky na dovyklizení objektu a na provizorní zastřešení kláštera, což vyvolává významné problémy s financováním oprav.
Stav domu a ohradní zdi: klášterční areál zůstává z velké části v ruinách; střecha kláštera je částečně funkční, avšak chybí střecha dřevěné věžičky a okna jsou vytlučená. V kryptě kostela zůstává rekonstrukční práce omezená a architektonické detaily fasád jsou zachovány jen v torzu. Zvlášť hodné poznámky patří ke kryté chodbě podél jižního průčelí, která sloužila jako vstup do kláštera a má stropy ve tvaru komolého jehlanu.
Okolí zahrady kolem kostela a kláštera zahrnuje zeď a zahradní úpravy; východní část zahrady byla později zaplevelena výstavbou tří přízemních dvojdomků a vznikla tak nová ulice s garážemi, která odsunula část původní klášterní zahrady. V zahradě dominují stromy, zejména položka listnaté a jehličnaté stromy, a zahrada je obklopena kamennou zdí.
Pro budoucnost bylo a je diskutováno, zda bude klášter zachován a rekonstrukčně zhodnocen; zástupci ÚZSVM uvádí, že pozemky patří státu a s objekty tvoří funkční celek, a nelze je odprodat samotnému majiteli. V roce 2012 se uskutečnila schůzka s památkovými úřady ohledně možného řešení opravy památkově chráněného areálu. V roce 2019 byl krov kláštera zřícený a nefunkční; střecha byla z velké části zničena a vnitřní prostory byly zasaženy stromy a zničením. Kromě objektu samotného zůstávají kamenné fragmenty a sochy, a některé prvky byly v roce 2016 restaurovány díky dotaci z Ministerstva kultury.
Nyní je situace komplikovaná kvůli nájemním a restitucím: „Původní evidenční list památky uvádí Kapucínský klášter jako čtyřbokou, patrovou stavbu kolem pravoúhlého dvora, s arkádami a vnějšími prvky, a kostel jako součást areálu. Pozemky zůstávají ve vlastnictví státu a správu nad nimi má ÚZSVM.“ Zákupy tak mohou hledat možnosti financování prostřednictvím grantů a evropských fondů pro opravu památky, ale bez aktivní účasti státu je řešení složité. Ačkoli areál patří mezi nejohroženější památky ČR, chybí stále peníze na zásadní rekonstrukce a údržbu.
Budoucnost Kapucínského kláštera v Zákupech zůstává nejistá: „Jak to s Kapucínským klášterem a kostelem svatého Františka Serafínského bude v budoucnu, nikdo neví.“ Možná opět přijde ohrožení unikátu evropské památkové péče, pokud se neobjeví nové zdroje financování a aktivní zájem vlastníků i státních institucí.
