Každou celou hodinu Vyšehrad rozezní zvonohra kapitulního kostela, jenž prošel za 950 let od svého založení mnoha stavebními úpravami. V r. 1903 byla dokončena poslední přestavba, která vtiskla kostelu dnešní neogotickou podobu. Interiér je bohatě zdoben ornamentální a figurální secesní nástěnnou malbou. Stálá expozice pocházející ze sbírek Vyšehradské kapituly (zlaté a stříbrné šperky, fragmenty tkanin a drahocenných látek, novogotické předměty související s přestavbou Vyšehradu koncem 19. století). Celkově je v bazilice sv. Petra a Pavla 21 zvonů: 14 menších patří zvonkohře a jsou spolu se 4 většími zvony umístěny v levé věži. Dva historické zvony - zvon Petra a Pavla z roku 1584 a zvon z roku 1621 - jsou v pravé věži.
V období kolem 14. 2. bývá vystaven vzácný relikviář s ostatky sv. Kapitulní a farní kostel byl založen knížetem Vratislavem II. ve 2. polovině 11. století podle vzoru římského kostela sv. Petra a Pavla, když kníže začal budovat své sídlo na Vyšehradě jako záměrný protiklad Pražskému hradu. Podle pověsti prý kníže Vratislav nanosil do základů stavby 12 nůší kamene. S tím souvisí i založení kapituly, která byla nezávislá na pražském biskupovi a podřízená přímo papeži v Římě. V roce 1903 byla dokončena poslední přestavba, která vtiskla kostelu dnešní podobu. Za 900 let prošel mnoha stavebními etapami. Od původní románské baziliky v 11. století přes vrcholně gotickou podobu za Karla IV., kdy vzniklo trojlodí s bočními kaplemi, barokní přestavbu 20. let 18. století podle projektu Giovanna Santiniho za vedení Františka Maxmiliána Kaňky a neogotickou přestavbu, kterou započal roku 1885 arch. Josef Mocker.
V letech 1902-03 byl vybudovány vysoké průčelní pseudogotické věže podle návrhu arch. Františka Mikše a zároveň odstraněna barokní zvonice z roku 1678. Reliéf tympanonu hlavního portálu vytesal roku 1901 Štěpán Zálešák na motiv Posledního soudu. Interiér chrámu je bohatě zdoben ornamentální a figurální secesní nástěnnou malbou akad. malířů manželů Františka a Marie Urbanových z let 1902-1903. Na stěně levé boční lodi zůstala zachována barokní malba domnělého vzhledu Vyšehradu z roku 1420. V presbytáři jsou fresky vídeňského malíře Karla Jobsta na téma život sv. Petra a Pavla. Skleněné vitráže oken navrhl František Sequens. Krásně polychromovaný hlavní oltář vyřezaný podle návrhu arch. Josefa Mockera řezbářem Josefem Hrubešem v letech 1884-1889 představuje patrony chrámu sv. Petra a Pavla a sv. Cyrila a Metoděje. Oltář českých patronů v druhé kapli vlevo je velkolepé secesní dílo řezbáře Jana Kastnera z počátku 20. století.
Na oltáři ve třetí kapli vpravo je nejvzácnější deskový obraz Panny Marie Dešťové, vynikající dílo české gotické malby z poloviny 14. století, pocházející ze sbírek Karla IV. a Rudolfa II. a darovaný vyšehradskému kostelu roku 1606 Ondřejem Hennevaldem. Pověst vypráví, že jej maloval sám sv. Lukáš a že k obrazu v době sucha chodila procesí prosit o vláhu. V první kapli vpravo je románská kamenná rakev z 12. století přisuzovaná sv. Longinu, patrně rakev některého člena rodu Přemyslovců. Při archeologickém výzkumu zde byla nalezena malba Panny Marie s Ježíškem v náručí z doby Karla IV. Původně románská krypta byla stavěna jako pohřební kostel svého zakladatele a prvního českého krále Vratislava II., který zde byl pohřben jako první v roce 1092 a poté i další členové královského rodu. Královská hrobka s ostatky panovníků však při archeologickém výzkumu nalezena nebyla.
V letech 1988-1994 byl interiér chrámu nákladně zrestaurován. V roce 2003 povýšil papež Jan Pavel II. Kapitulní chrám tvoří petilodní pseudobazilika s kaplemi v bočních lodích a hloubkovým, trojboce uzavřeným kněžištěm. Interiér je vymalován v secesním slohu, inspirován dílem Alfonse Muchy. Malbu typicky pro secesi krášlí ornamenty, listy, květy, neobvyklé barvy a měkké, vlnící se křivky. Na novogotickém hlavním oltáři v presbytáři se nachází sochy sv. Petra a Pavla mezi apoštoly Slovanů Cyrilem a Metodějem. Kaple českých patronů se pyšní novogotickým oltářem od J. Kaslnera z roku 1910. Zobrazuje Kristův kříž, který vyrůstá z rajského stromu a okolo něj jsou shromáždění zemští patroni Cyril, Metoděj, Václav, Ludmila, Vojtěch, Jan Nepomucký, Anežka a Zdislava. Nachází se zde i barokní obraz sv. Václava od Karla Škréty ze 70. let 17. století. Hlavní západní průčelí chrámu je ve štítu vyzdobeného sochami Ježíše Krista (uprostřed), dvou andělů (po stranách), a také patronů chrámu sv. Petra a Pavla s jejich typickými znaky (klíče a meč).
Chrám byl založen kolem roku 1070 prvním českým králem Vratislavem II. (1061-1092). Když Vratislav přenesl své sídlo z Pražského hradu sem, stal se na čas Vyšehrad hlavním centrem Čech a vyšehradský kostel druhým nejvýznamnějším chrámem v zemi. Byl vícekrát přestavován, naposledy na přelomu 19. a 20. století do současné novogotické podoby. V době největšího rozkvětu dosahoval téměř trojnásobných rozměrů. Papež Jan Pavel II. Vyšehradskou kapitulu vždy podléhal přímo papeži. Vyšehradská zvonkohra hraje každou hodinu od 9 do 21 hodin. Skládá se ze 17 zvonů. V paměti je celkem 50 písní přizpůsobených liturgickému období.
V boční kapli Panný Marie Bolestné se uchovává nalezená relikvie sv. Valentina, patrona všech zamilovaných. Na jižní straně kněžiště pak nahlédněte do kaple Panny Marie Šancovské (Hradební), kde je umístěna socha se zázračnou minulostí. Hřbitov u baziliky sv. Petra a Pavla je nejstarší na Vyšehradu. Díky dostatečné vzdálenosti od města unikl zrušení během josefínských reforem v 18. století a jako historický unikát se zachoval dodnes. Nejdéle zde leží církevní hodnostáři, jeptišky a ošetřovatelé nemocných. Na konci 19. století byl hřbitov pasován na národní pohřebiště a byla zde zbudována hrobka Slavín.
Zvony vyšehradské baziliky mají pohnutou historii. V barokní době měly vlastní zvonici, která stála odděleně od baziliky. Po regotizaci (1903) byly osazeny v nových věžích u západního průčelí baziliky a stávající barokní zvony byly doplněny o nové dva. Během první světové války byly v roce 1916 některé zabaveny. Podobně v dubnu 1942 protektorátní úřady zabavily další zvony nejen z chrámu sv. Petra a Pavla, ale i z kostelíků a kaplí patřících do majetku kapituly. Výsledek obou rekvizic zvonů znamenal, že severní věž zůstala zcela bez zvonů a v jižní věži zůstaly pouze dva historické. Z roku 1584 pochází první zvon od pražského zvonaře Brikcího z Cimperka (1535-1599) - hmotnost cca 1200 kg, průměr 125 cm, tón e1. Druhý zvon z roku 1621 je z pražské dílny Baltazara Hoffmana (hm. 1600 kg). Dne 27. dubna 2001 byla odlita nová zvonová sada o celkové hmotnosti 2200 kg.
Na Vyšehrad byla následně dodána sestava 18 nových zvonů o celkové hmotnosti 2200 kg. Dne 29. června 2001 kardinál Miloslav Vlk slavnostně požehnal sadu čtyř velkých zvonů, které se rozeznívají ve všední dny. O sobotách, nedělích a církevních svátcích se k nim přidávají i staré dva zvony. Zvonkohra zní každou celou hodinu od 11 hodin dopoledne do 21 hodin večer. Zvonkohru rozeznívají elektromagnetická kladívka řízená počítačovou technikou. Melodie byly aranžovány varhaníkem Jaroslavem Vodrážkou. Zaznívají skladby jako Vyšehrad; Vltava; Česká státní hymna Kde domov můj; Čechy krásné; Teče voda, teče; Svatý Václave; Jezu Kriste, štědrý kněže; Ach synku; Ave Maria; svatební pochod; Tisíckráte pozdravujem Tebe; Adeste, fideles; Bože, chváleme Tebe; Chtíc, aby spal; Kristus vítězí; Základ církve, pevná skála; K oltáři Páně; Pange lingua; koledy a řada dalších. Na počest dárkyně, paní Mileny Jirat-Wasiutinski (1920-2008), která věnovala na zvony 2 miliony korun, zaznívá v předvečer jejích jmenin 24. ledna a narozenin 13.
Dominanta Vyšehradu, bazilika sv. Petra a Pavla, je v panoramatu Prahy nepřehlédnutelná. Její krása vás ohromí zvenčí i uvnitř, kde uchovává mnoho vzácných relikvií. Zastavte se a nasajte téměř 1000letou historii tohoto duchovního místa. Bazilika založená v letech 1070 až 1080 byla mnohokrát přestavována, vždy v duchu dobové architektury. Svou současnou novogotickou podobu získala až na přelomu 19. a 20. století. Majestátnost průčelí s dvěma novými věžemi, nyní už typickými ve výhledu na Vyšehrad, doplnily krásné secesní prvky uvnitř chrámu. Za svůj vznik vděčí bazilika českému knížeti Vratislavu II. Svár s jeho mladším bratrem Jaromírem, tehdy pražským biskupem, přiměl panovníka zbudovat si vyšehradské útočiště. Kostel svatého Petra a Pavla nabídne deskový obraz Panny Marie Vyšehradské, tzv. Dešťové, v levé části chrámu, čtvrté postranní kapli. Na jižní straně kněžiště pak nahlédněte do kaple Panny Marie Šancovské (Hradební), kde je umístěna socha se zázračnou minulostí. Hřbitov u baziliky sv. Petra a Pavla je nejstarší na Vyšehradu a jako historický unikát se zachoval dodnes. Nejdéle zde leží církevní hodnostáři, jeptišky a ošetřovatelé nemocných. Na konci 19. století byl hřbitov pasován na národní pohřebiště a byla zde zbudována hrobka Slavín.