Středem zájmu díla je obraz umírajícího mučeného misionáře, Svatého Xaveria, jenž visí v chrámu svatého Mikuláše na Malé Straně. Vypravěčem je muž vykazující podobné rysy a vlastnosti, jaké měl sám Arbes; tedy novinář, intelektuál plnící v textu funkci nejen vypravěče, ale i svědka události. Právě ve svatomikulášském chrámu se vypravěč potkává s hlavním hrdinou romaneta, chudým mladíkem Xaveriem, pojmenovaným podle zmíněného obrazu. Mladík má s obrazem společné nejen jméno, ale rovněž i vizáž. Tato náhoda však není v díle nijak vysvětlena. Po zpočátku ne zrovna příjemném seznámení se z obou mužů stávají přátelé. Vypravěč se následně od mladého Xaveria dozvídá, že obraz má jak vysokou uměleckou hodnotu, tak i hodnotu dokumentární - je v něm prý zašifrována jistá mapa pokladu. Mladý Xaverius je obrazem naprosto pohlcen a veškerý svůj čas věnuje jeho podrobnému zkoumání, překreslování a složitým logickým a matematickým výpočtům. Po zdlouhavé a únavné práci, při níž mu vypravěč pomáhá, dosáhne Xaverius konečně očekávaného výsledku. Objeví místo, kde má být poklad ukrytý, a ještě tu noc ho oba muži navštíví a začnou zde kopat. Avšak objeví tam pouze několik téměř bezcenných kamenů. V ten moment na místě od nedohořelé sirky vzplane tráva a vypukne menší požár. Rozrušený a rozčarovaný Xaverius zahlédne v plamenech přízrak umírajícího misionáře z Balkova obrazu a vyděšeně odtamtud prchá i s kameny. Potom nemá vypravěč delší čas o Xaveriovi vůbec žádné zprávy. Setkává se s ním až po 3 letech ve vídeňské věznici, kde je vypravěč vyšetřován pro politický zločin a Xaverius pro krádež polodrahokamů ze svatomikulášského chrámu. Xaverius je odsouzen a ve vězení skoná.
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. Jakub Arbes dodával svým prózám nejen spád a napětí, ale i jistou tajemnost a intelektuální zápletku. Stal se tak tvůrcem žánru, který sám nazýval „epizoda z románu“, „malý román“ či „filozofická novela“, Jan Neruda pak tento Arbesův útvar nazval „romanetem“. Román Svatý Xaverius je román z cyklu tzv. romanet. Středem zájmu romaneta svatý Xaverius je stejnojmenný obraz, umístěný v chrámu sv. Mikuláše na Malé Straně. Do jedné z hlavních postav obsadil autor sám sebe. Na počátku knihy se vypráví o snahách soustředit nejlepší české obrazy na jedno místo, a pozdvihnout tak ve světě i české malířství. Jeden z iniciátorů je ohromen obrazem svatého Xaveria, a jednoho dne se rozhodne ve svatomikulášském chrámu přenocovat, aby mohl obraz podrobněji prozkoumat. Po zavření chrámu však zjistí, že v chrámu není sám. Před obrazem spatří jiného muže. Nejdříve se snaží skrývat, ale když si všimne, že ten druhý muž drčí v ruce cosi jako nůž, a je těsně před obrazem, vyběhne ze svého úkrytu, a vrhne se na něj. Chvíli se perou, ale druhý muž moc neodporuje, a tak po chvíli přestanou. Po krátké debatě pozná, že ten muž nechtěl obraz ukrást, ani nijak poškodit, ale že si na něm jen přeměřuje orientační vzdálenosti, neznámý muž se shodou okolností jmenuje také Xaverius, a Xaveriovi na obraze je neuvěřitelně podobný. Xaverius ho nakonec pozve k němu na návštěvu, a tam mu vysvětlí, že jeho babička sloužila u mistra Balka, který ten obraz maloval, a že když umíral, řekl jí, že obraz v sobě skrývá velké tajemství, a kdo bude obraz neustále sledovat, tomu zjeví nevyčíslitelné bohatství. Xaverius se podle toho řídil, a odhalení toho tajemství věnoval celý svůj život. Zjistil, že na obraze jsou v určitých místech tahy štětcem proti obvyklému směru. Když odhalil všechny, spojil je čarou, a domyslil si, že je to trasa cesty k onomu pokladu. Skoupil všechny možné mapy hlavně centra Prahy, které do té doby vyšly, a zkoušel do nich svou křivku zasadit. Na jedné mapě se mu to povedlo, a zmenšenina křivky do mapy přesně zapadla. Xaverius se byl na to místo podívat, a když tam nalezl několik opálů a podobných kamenů, domyslil si, že asi nalezl ten poklad, a v noci se tam vydal i s tím mužem, se kterým se seznámil v kostele. Když tam kopali, nalezli tam pár dalších barevných kamenů, ale vesměs úplně bezcenných. Pak se dal Xaverius na bezhlavý útěk, a od té doby o něm nikdo neslyšel. Za nějaký čas se dostal ten druhý z politických důvodů do vězení. Tam se s Xaveriem shledal, a zjistil, že té noci se tak styděl za svůj neúspěch, že potřeboval být někde sám. Pak i objasnil, že ve vězení je pro vykradení svatomikulášského chrámu. Druhý muž se za pár dní dostane na svobodu díky amnestii, a díky svým stykům zařídí ospravedlnění Xaveria, protože tu noc kdy byl chrám vykraden, byli spolu vykopávat ten údajný poklad. Omilostnění je však již na nic, protože Xaverius mezitím podlehl své nemoci. Kniha končí tím, jak autor opovrhuje Balkem a jeho nesmyslem o pokladu, zašifrovaném v obraze. Hlavní hrdina je muž, který zanevřel na svůj malířský talent a šel do Prahy studovat reálné vědy. Malířství se mu však stále zamlouvalo, a tak se zajímal o slavné obrazy v jeho okolí. Jednou za ním přijel přítel z Vídně, který byl profesionální malíř. Ten projevil zájem prohlédnout si pražské obrazy, a proto po tři dny navštěvovali pražské kostely. Jejich cesta za českým malířstvím skončila ve chrámu sv. Mikuláše na Malé straně před obrazem Umírajícího svatého Xaveria od Františka Xavera Balka (1724 - 1767, český malíř a freskař německého původu, představitel malby vrcholného baroka na přechodu k rokoku, umělecké vzdělání získal na Akademii ve Vídni, ovlivnila jej především benátská a boloňská malířská škola, zmíněný). Baví se o tom obrazu, že jeví prvky italské i německé malířské školy a dojdou až k názoru, že o českém malířství se toho v jiných zemích moc neví, a proto chtějí časem vydat sbírku nejlepších českých obrazů v barvotisku. S tím se rozjedou a čas se posouvá dopředu. Přítel z Vídně se mezitím stane učitelem kreslení na Vídeňském dvoře a hlavní hrdina dostudoval a musí se živit, je tedy třeba žurnalistou. Na myšlenku o seznámení světě s českým malířstvím však nezapomíná, a proto se snaží získávat informace o obrazech, neboť se tehdy domluvili, že on dodá text a přítelovi známí zase obrazy překreslí.
Obraz má vcelku ráz pošmurný, jako by byl malíř světlejších barev užil pouze ku zvýšení dojmu barev temných. Na pustém břehu mořském umírá o samotě muž v černém řeholním oděvu. Pololeže odpočívá na improvizovaném loži, na hrubé rohožce, jsa zády opřeno o skalisko, nad nímž je z hrubých kamenů, prken a jižních travin narychlo sdělán jakýsi druh střechy, mající umírajícího chrániti aspoň před nejprudšími úpaly plamenného slunce indického. Černé řeholí roucho je na prsou poněkud rozhaleno; dolení část těla je pokryta hrubou houní, zpod které je vidět jen obnažené kostnaté nohy zsinalé barvy. V levici drží umírající dřevěný kříž s Kristem, pravice pak v lokti ohnutá visí bez vlády z lože. Obraz ho velice zaujme, protože ve výrazu světce vidí něco víc než jen mnišský fanatismus, a proto si sedne do zpovědnice, aby si ho mohl dál prohlížet. Náhle před obraz přijde mladý muž, modlí se a mezitím je oba kostelník zamkne. Hlavní hrdina mladíka tajně pozoruje a uvědomí si, že je velice podobný světci na obrazu. Ten najednou vyskočí na oltář před obrazem a vytáhne z kapsy něco jako nůž. To ho vyleká, neboť to vypadá, že chce obraz zničit, a proto vyskočí ze zpovědnice. Oba si nedůvěřují, ani po té, co mu onen mladík ukáže, že obraz, ne moc zdařile, překresluje a proto si chtěl měřit rozměry. Ven z kostela se dostanou díky tomu, že mladík má klíč od zakristie a ukáže pak hlavnímu hrdinovi, kde bydlí. Po čase se z nich však stanou přátelé, ale o jejich prvním setkání spolu nemluví. "Obraz umírajícího svatého Xaveria nebyl malován pouze pro oko a pro povznesení mysli zbožných křesťanů. Je v něm více, nežli bývá v obrazech největších mistrů, je v něm cosi, nad čím by tisícové s pohrdáním krčili ramenoma, z čehož však by přece mohla vzejíti spása miliónům... Kdo dovede třeba po léta dlíti před obrazem tím, kdo upne veškerou svou mysl na obraz,k aby tajemství v obrazu skryté vypátral, a komu se podaří tajemství to vypátrati, nemůže zůstati pro lidstvo bez ceny, neboť duch jeho nebude oné síly a průpravy, jaké je potřebí k obrovskému dílu na prospěch veškerého lidstva. Jedné však věci je především třeba: Vytrvalosti a železné vůle. A tak tam jeho babička stále chodila a svou posedlost přenesla i na dceru, která před obrazem stála zejména když byla těhotná, a proto je asi její syn Xaverius tolik podobný světci z obrazu. A i on tam chodí a hledá poklad. Hlavní hrdina se mu však vysměje, že jde jen o blábol jeho babičky. Tím však Xaveria naštve a pár dní spolu nemluví. Jednou k němu ale Xaverius vtrhne a je nadšený, protože sehnal knížku, kde je napsáno o speciálním měření, kde může měřit křivku přímkou a proto bude moci lépe zkoumat obraz Sv. Xaveria. A také mu začal vyprávět, jak to s jeho vztahem k obrazu bylo, protože tam chodil už od mala. Časem dokonce začal pochybovat o Bohu a myslel si, že je to jen rezultující přírodní síla. Začal u toho, kdo obraz nakreslil. Balko o sobě tvrdil, že se minul s cílem života a zajímaly ho i přírodní vědy. Tak dospěl k názoru, že to bude v něčem jiném, než v malbě. Jednou ho pak na noc zamkli v chrámu a z bezprostřední blízkosti našel na obraze několik značek. Pak už se ale setmělo a nemohl dál zkoumat, tak se snažil usnout a náhle uviděl kocoura, který vyskočil na oltář Sv. Xaveria a změnil se v trpaslíka. Potom přišly dvě ženy a trpaslík se jich ptal, jestli poznají blázna, i kdyby to byl jejich syn a vnuk. A v tu chvíli Xaverius poznal svou matku, babičku a v trpaslíkovi Balka. Pak zjistil, že to byl jen sen. Ráno se konečně dostal ven, ale následkem byla dlouhá horečka. Bylo mu však jasné, že je zapotřebí dál studovat obraz pečlivě a zblízka, proto se asi ¼ roku snažil získat důvěru kostelníka. Tvrdil mu, že si chce obraz překreslit, ale stydí se. Kostelník mu potom dal klíč a Xaverius tedy mohl studovat dál. Celkem našel na obrazu 37 bodů a výchozí určil bod na světcově čele. Když potom všechny body spojil, získal lomenou čáru a zbývalo zjistit, kde je výchozí bod ve skutečnosti. Zprvu myslel, že v kostele, ale obraz mohl být přenesen, a proto hledal dál. Vzal si plán Prahy, který připomínal polygon, sestavil těžiště a to bylo přesně v domě, kde dřív Balko bydlel a došel tam k nápadu nakreslit obraz sv. Xaveria. Sehnal si pak staré plány města a postupně na ně přikládal svou mapu z obrazu a u jednoho se cesty překryly, takže poklad by měl být ve Strahovských lomech u vinice Malvazinka. A tak se tam hned tu noc pod rouškou tmy, aby je nikdo neviděl, vydají. Opatrně se přesunou až do rokle, kam to dopoledne Xaverius donesl tajně motyku a lopatu a když analogicky určil střed rokle, zjistil, že je tam půda sypká, ale jinde je pevnější. Opatrně se pouštějí do kopání, aby neodhodili kus pokladu, do bezcenné hlíny. Dokopou se až ke starému rumu z cihel a malty, ale ani po hodině, kdy už jsou unavení, nic neobjevili. Naštěstí pak najdou smaragd, a tak to nevzdávají a s novým elánem se pouštějí do práce. Objeví však už jen malachitovou rudu a realgar, ale to nemá valnou hodnotu. Pak zajde měsíc, tak rozžhnou svítilnu a dál pracují, byť pomaleji, aby mohli lépe kontrolovat vykopanou hlínu. A po chvíli objeví rubín. Xaveriovo vzrušení je již téměř hmatatelné. Náhle se motyka dostane na kov a je to patrně zlato a navíc pak objeví malou, silně zrezivělou krabičku. Xaverius pak ale převrhne lucernu a měsíc zajde za mraky, tak nic nevidí. Rozsvěcí je tedy sirkou, ale hořící hlavička spadne a zapálí suchou trávu a od té vzplane celá rokle v kruhu kolem Xaveria. Rudá záře se náhle mění v zažloutlý oheň a přítel je jako v transu. V ohni navíc spatří přízrak svatého Xaveria, kterak mu hrozí a vyzývá ho k útěku. Proto se najednou Xaverius rozběhne pryč... Opět vychází měsc, žlutá záře mizí, oheň uhasíná a vše je jako dřív, až na spálenou rokli a sirnatý pach všude kolem. Hlavní hrdina pak běží za Xaveriem, ale ten se mu ztratí u Židovského hřbitova a sezná, že by ho ani nedohonil, protože měl velký náskok.
Mezitím se však stal žurnalistou, v Čechách nastal v roce 1868 „Výjimečný stav“ a místodržícím byl generál. Co by žurnalista to dotáhl na zodpovědného redaktora opozičního politického deníku. S kolegy napáchal plno prohřešků proti režimu, ale nakonec (ač by čekal doživotí) byl odsouzen jen na 4 měsíce a i když se jeho právníci snažili, musel v novoměstské trestnici nastoupit. Pak byl ale dvakrát prohlášen za nevinného, nevěděli jak s tím naložit, a proto to přeložili k Vídeňskému soudu. A tak byl s CK zřízencem pražské věznice převezen do Vídně. Než ho tam odvezli, napsal ještě svému příteli malíři, se kterým chtěli vydat brožuru o českém malířství, že kdyby ho v amnestii pustili, tak se zastaví a projdou vídeňské obrazy. Dostane se k němu i na pár hodin před nastoupením do věznice. Baví se o projektu, ale shodnou se, že to teď nejde realizovat, protože Vídeň se na bouřící se Čechy zlobí a bez jejich snahy to také nemá cenu. Přítel mu ale ještě řekne, že než se budou později, až bude klidnější doba, pořizovat kopie, chce si napřed překreslit obraz Svatého Xaveria. Když to hlavní hrdina slyší, je překvapen a vypoví mu celý příběh, který díky tomuto obrazu prožil. Přítel mu plno otázek, ale než je stihne zodpovědět, musí se odebrat do vězení.
