V Holýšově působí římskokatolická farnost, která je součástí Spojené duchovní správy v Holýšově, Staňkově a Osvračíně. Duchovním správcem v Holýšově je od 1. března LP2016 P. Mgr. František Salášek; od té doby jsou v Holýšově bohoslužby každý den, vyučování náboženství a různá setkání. Snahou je, ve spolupráci s MKS v Holýšově, pořádat kulturní akce - koncerty, Noci kostelů, zdobení vánočního stromečku dětmi a další.
Po vymalování, opravě a úpravě interiéru kostela v roce 2011 byl kostel opatřen novou křížovou cestou a tehdy začala fungovat farní rada. Ta v prosinci 2013 změnila původní strukturu na pastorační, ačkoli od roku 2015 již nefunguje; současně se jedná o snahu její obnovy. K obnově a aktivitám farnosti přispěly i dlouhodobé projekty a spolupráce s místní komunitou.
V roce 2012 byly památkově chráněné varhany v kostele opraveny díky příspěvkům občanů města. V roce 2015 došlo k vážnému poškození elektroinstalace zvonů; firmě MAHLE Behr Holýšov s.r.o. se podařilo opravu dokončit v částce cca 70 000 CZK a zvony byly opět uvedeny do provozu firmou Zvony Perner z Pasova. Předtím musely být věž vyčištěny od holubů a proti jejich letu zajištěny. Tyto práce provedla odborná firma z Prahy; vzhledem k malému počtu aktivních věřících byly náklady částečně hrazeny darem z Plzeňského biskupství a z darů dalších dobrodiní.
Podle údajů z Rejstříku evidovaných právnických osob je „Římskokatolická farnost Holýšov“ uvedena se sídlem na náměstí 5. května 1, Holýšov, PSČ 34562, IČO 48343366, Datum evidence 01.07.1994, Číslo evidence 8/1-06-064/1994; způsob jednání statutárního orgánu je, že jedná samostatně, není-li stanoveno jinak. K úkonům, které zakládají účast v jiných subjektech, ručení nebo solidární závazek, souhlas představeného k danému právnímu úkonu se udílí vždy písemně.
Současně se pracuje na tom, aby provoz farnosti byl transparentní a informovanost veřejnosti byla zajištěna. Informace o akcích, změnách programu bohoslužeb a dalších událostech jsou dostupné prostřednictvím oficiálních zdrojů a komunikace s věřícími; přesto stránky farnosti nyní slouží spíše jako archiv.
Historie a aktuální témata farnosti jsou propojena s místní komunitou a kulturními aktivitami, které se snaží doprovázet duchovní dění v Holýšově a okolí.
Různé kroky a rekonstrukce v minulosti poskytují kontext pro současnou roli farnosti v Holýšově a jejím vlivu na městský život, včetně koordinace aktivit s místními institucemi a podporou ze strany biskupství.