Barokní kostel z let 1730-1733 byl postavený v nádvoří dříve zaniklého hradu a k jeho stavbě bylo použito množství staršího hradního gotického zdiva. Jelikož věž nad střechou nebyla dostatečná pro zavěšení těžších zvonů, byla ve 2. polovině 18. století přistavěna k západnímu průčelí hranolová zvonice, která zakryla původní západní průčelí se štítem. Kromě zvonice byla ke kostelu z jižní strany kněžiště přistavěna sakristie. Kostel je bez věže, zvony jsou ve zvonici přistavěné k západnímu průčelí. Nad presbytářem je sanktusová věžička. Jednolodní obdélný kostel s obdélným presbytářem a obdélnou sakristií po jižní straně.
V interiéru dominují hodnotné prvky z různých časů: hlavní oltář je barokní a pochází z druhé čtvrtiny 18. století, v kostele jsou dále dva oltáře - raně barokní oltář sv. Václava z roku 1658 a rokokový oltář sv. Rodiny z roku 1752. Raně barokní kazatelna pochází z 2. čtvrtiny 17. století. Na hlavním oltáři je později umístěna socha sv. Jana Nepomuckého od J. Brokoffa z roku 1682. V lodi se nacházejí raně barokní lavice a dřevěná kazatelna s obrazy evangelistů. Cínová křtitelnice na třech vysokých nohách je z roku 1731, ulil ji Konrád Schrötter z Prahy. Na kruchtě visí varhany z roku 1884 od firmy K. Schiffnera, které byly v letech 2011-2014 opraveny. Do podlahy předsíně byly v roce 1896 druhotně přeneseny dva barokní náhrobníky.

Architektonický výjev a výzdoba
Jednolodní kostel má vnější stěny členěny vpadlými poli a obdélnými, půlkruhově ukončenými okny. Loď je plochostropá s fabionem, podepřená v rozích konkávně prohnutými pilastry. Presbytář je prohlouben o téměř kruhový závěr, s oválnými prostory vchodu a presbytáře; klenbu lodi zdobí freska Karla Kováře z roku 1738. Nad triumfálním obloukem je zavěšený městský znak z roku 1852. Severní brána do Karlova náměstí vznikla krátce před rokem 1771. Bombardováním roku 1945 byly zničeny některé úseky zdí; obnoveny byly v letech 1946-1947. Sklepní prostory pod kostelem přístupné ze zahrady. Zvonice má v dolní části zděnou a v horní části bedněnou konstrukci; nad presbytářem je sanktusová věžička. Věžičky a štíty jsou ozdobené sochařskou výzdobou a malbami z 18. století.

Historie a rekonstrukce
První větší oprava kostela proběhla v roce 1911, další nutné opravy nakročily v roce 1968 a stavební práce na krovu, střeše i uvnitř postupovaly až do osmdesátých let 20. století. Velká rekonstrukce fasády skončila v roce 1994, při níž bylo vyměněno bednění zvonice a na její střechu položena nová šindelová krytina. V roce 2019 byla provedena výměna krovů a střešní krytiny. Kostel byl postavený v prostoru nádvoří dříve zaniklého hradu, k jeho stavbě byly druhotně použity zbytky gotického hradního zdiva.

Součásti a mobiliář
Hlavní oltář je barokní, z druhé čtvrtiny 18. století, s obrazem sv. Jana Nepomuckého jako almužníka, po stranách stojí sochy sv. Vojtěcha a sv. Václava. Raně barokní oltář sv. Václava z roku 1658 a rokokový oltář sv. Rodiny z roku 1752 doplňují výzdobu. Raně barokní kazatelna z 2. čtvrtiny 17. století. V presbytáři a lodi jsou nástěnné malby z 18. století - v presbytáři Vynášení sv. Jana Nepomuckého z vody, v lodi náměty jako Dathan a Abiron a Archa úmluvy. Zvonové patro zvonice neslo po roce 1811 tři zvony; po válce zůstal jen malý zvonek (umíráček) z 1. poloviny 19. století. V interiéru se dochovalo poměrně hodnotné vybavení.
- Hlavní oltář: barokní, 2. čtvrtina 18. století, s obrazem sv. Jana Nepomuckého.
- Boční oltář: sv. Václav, raně barokní, 1658.
- Oltář: sv. Rodina, rokokový, 1752.
- Kazatelna: raně barokní, 2. čtvrtina 17. století.
- Kruchtové vybavení: varhany 1884, renovace 2011-2014.

Okolí a kulturní kontext
K kostelu se váže bohatý kontext vývoje regionální sakrální architektury a lokální důležitosti kostelů v regionu. Kostel byl postaven ve spojení s zříceninou hradu a využíval i gotické zdivo, což z něj činí významný příklad barokní architektury ve spojení s místní historií. Z věže a interiéru lze vyčíst vlivy baroka a pozdního klasicismu. Ke kostelu vede zahrada ohraničená zdí s bránou na severu; schodiště a ohradní zeď byly dokončeny kolem roku 1776. Severní brána do Karlova náměstí vznikla asi krátce před rokem 1771. Z výzdoby se připisuje sochařská výzdoba Bernarda Seelinga; fresky a malby od Karla Kováře dodávají prostoru atmosféru 18. století.

Národní význam a současný status
Kostel sv. Jana Nepomuckého Na Skalce je zapsán spolu se zbytky hradu do Ústředního seznamu nemovitých kulturních památek ČR pod číslem 38222/2-855. Dnes je filiální kostel spadající pod římskokatolickou farnost Sázava-Černé Budy; mše se konají pouze v druhou sobotu v měsíci v 16:30 (zimní období) nebo 18:30 (letní období). Původně gotický kostel byl v 18. století barokně přestavěn; z původní dřevěné kaple z roku 1697 zůstala jen část a mnohé detailní prvky odkazují na postupný vývoj tradičního sakrálního prostoru v regionu.