Тéměř současně začali jihlavští měšťané stavět tři velké kostely (kostel sv. Jakuba, Nanebevzetí Panny Marie a Povýšení sv. Kříže), v nichž po další staletí nashromáždili nesmírné umělecké poklady. Farní kostel za náměstím, jehož věže odevšud dominují městu, byl zasvěcen patronu horníků sv. Jakubovi. Jedná se o gotický kostel s dlouhým kněžištěm, trojlodní halou a dvěma věžemi v západním průčelí, které je prolomeno ústupkovým portálem.
Zahájení chrámové stavby spadá do doby po vzniku královského horního města Jihlavy (mezi 1240-1243). Gotický kostel byl v květnu 1257 olomouckým biskupem Brunem ze Schaumburku posvěcen a povýšen na kostel farní. Do té doby bývala fara u kostelíka sv. Jana Křtitele.
Počátkem 14. století byla dokončena stavba severní strážní věže vysoké 63 metrů, která dnes slouží jako věž vyhlídková a odkud se otvírá pohled na město i okolí. Při přestavbě v letech 1373-1379 byla dokončena stavba trojlodí jeho zaklenutím křížovou klenbou, když sem byl vsazeny čtyři osmiboké sloupy. Zároveň vzniklo šnekové schodiště na jižní straně kostela a patro sakristie. Ve 30.letech 15.století dostává kostel jižní věž - zvonovou.
Jedinečným momentem v historii byl rok 1436, kdy se zde během kompaktátních jednání konala slavnostní mše a vyhlášení kompaktát v češtině za přítomnosti císaře Zikmunda. Zajímavostí je, že druhého dne zde byla husitská mše s přijímáním pod obojí. Roku 1523 postihl Jihlavu jeden z největších požárů v dějinách města; tehdy vyhořel i kostel sv. Jakuba včetně obou věží a oprava trvala 40 let.
V roce 1548 se začala povážlivě vychylovat ze své osy jižní věž, bylo tedy nutné ji snížit na dnešních 54 metrů, neboť hrozilo její zřícení. Významnou událostí bylo roku 1563 slavnostní vysvěcení nového velkého zvonu, tradičně zvaného „Zuzana“. Zvon se jmenuje podle bohaté jihlavské lazebnice Zuzany Spiesserové, která na jeho zhotovení přispěla značnou částkou. Je to druhý největší zvon na Moravě, vysoký 1,82 m a vážící 7 086 kg.
Roku 1591 získali zdejší patronátní právo strahovští premonstráti. Poslední změna půdorysu kostela spadá do barokní doby. Kostel byl vždy pokladnicí uměleckých předmětů. Z gotické doby vyniká především unikátní Pieta (kolem 1330), překrásná socha sv. Kateřiny (kolem roku 1400) i faksimile tzv. Přemyslovského kříže. Cenná je i pozdně gotická socha sv. Jakuba ze začátku 16. století.
Největším obrazem je 7,5 m vysoký obraz hlavního oltáře „Stětí sv. Jakuba“ od jednoho z dvorních malířů císařovny Marie Terezie, jihlavského rodáka J. N. Steinera. Kněžiště nese výraznou secesní výzdobu, která vznikla v rámci puristické úpravy interiéru v letech 1898 - 1904. V roce 1922 provedla firma August Wolfholz z Berlína náročné statické zajištění severní věže. Roku 1987 byl upraven interiér chrámu, když byla odstraněna nevhodná secesní výzdoba trojlodí.
V září 2008 proběhla v rámci obnovy nedílné součásti kostela - kaple Panny Marie Bolestné. V letech 1999 až 2006 byla provedena obnova kaple, a v letech 2008 až 2010 pak první etapa obnovy interiéru. Další práce pokračují. Římskokatolická farnost u kostela sv. Jakuba spolu s kaplí Panny Marie Bolestné je pravidelně otevřena v čase bohoslužeb a koncertů.
Turisté si mohou kostel prohlédnout, při respektování posvátnosti prostoru, přibližně půl hodiny před každou bohoslužbou a po ni až do uzavření. Kostel je zasvěcen patronu horníků sv. Jakubovi. Původní pozdně románskou baziliku zničil ještě před dokončením požár a další výstavba probíhala v duchu gotiky. V květnu 1257 byl kostel vysvěcen olomouckým biskupem Brunem ze Schaumburku a povýšen na farní.
Počátkem 14. století byla dokončena severní 63metrová věž a v 30. letech 15. století dostal kostel i jižní zvonovou věž. Jeden z největších požárů v dějinách města v roce 1523 zničil i kostel a oprava trvala 40 let. Na sklonku 19. století proběhla generální oprava v puristickém duchu, střecha dostala novou krytinu z bobrovek. Generální opravy interiéru proběhly v 1986-87 a v 2017-2019 byla obnovena část krovu a střechy. Pětipatrový krov hlavní lodi je zpřístupněn veřejnosti.
Architektonické poklady a umělecká hodnota
Kostel svatého Jakuba uchovává bohaté gotické a pozdně gotické sochařské dílo: Pieta, socha sv. Kateřiny, Přemyslovský kříž a socha sv. Jakuba. Velkolepý oltář s motivem Stětí sv. Jakuba, dílo dvorního malíře císařovny Marie Terezie, patří k nejvýznamnějším obrazům jihlavského interiéru. Sakristie a kaple Panny Marie Bolestné doplňují prostor o bohaté sakrální vyobrazení a reliéfy.
Turistický a náboženský význam dnes
Kostel slouží k bohoslužebním účelům a je pravidelně otevřen pro veřejnost při bohoslužbách a koncertech. V sezóně je s průvodcem možná prohlídka interiéru a výstup na ochoz vyhlídkové věže včetně návštěvy pětipatrového krovu hlavní lodi. Návštěvníci mohou obdivovat řemeslnou práci z 16. století a unikátní točité schodiště.
Použitá literatura a zdroje zahrnují poznámky o historii katedrálních staveb v Jihlavě a popisy hlavních obrazů a soch, stejně jako technické a restaurační zásahy v 20. století a 21. století.