Nedaleko rybníka Svět, na břehu Domanína, stojí hřbitovní kostelík sv. Jiljí. První zmínka o něm pochází z roku 1515, což znamená, že kostelík vznikl ještě před vybudováním rybníka Svět. Původně gotický objekt s pětibočným presbyteriem a opěrami prošel v letech 1574-1576 rozsáhlou rekonstrukcí pod vedením Jana Vlacha. Loď i presbytář mají klenutou křížovou klenbu bez žeber a okna jsou zakončena hrotem.
Uvnitř se dochovaly fresky a výzdoba z 16. století. Z vnitřní nástěnné výzdoby je historicky významná freska z roku 1588 od jihlavského malíře Tobiáše Else, zobrazující Viléma z Rožmberka s jeho dvěma manželkami Kateřinou a Žofií. Nástěnná malba nad křížovou klenbou zobrazuje „Seslání ducha Svatého“ s holubicí v centrálním kruhu a trnovou korunou. Nad oltáři se pak pyšní tři výrazné renesanční oltáře z roku 1835, jejichž hlavní oltář zobrazuje sv. Jiljí a vedlejší oltáři Pannu Marii a sv..
Do roku 1622 býval kostelík součástí třeboňského mobiliáře, avšak konfiskace majetků Švamberků a odvezení veškerého mobiliáře donem Baltazarem Marradasem znamenala ztrátu původního vybavení. Pro větší části 19. století se stav kostela vyvíjel spíše mimo hlavní dění; až v roce 1835 bylo stávající vybavení doplněno. Většina současného vnitřního zařízení pochází právě z tohoto období, kdy sochařem Dvořákem Petrovickým byly dodány oltáře a obrazy namaloval Karel Schaller. Až do vysvěcení knížecí hrobky sloužil kostelík jako místo posledního odpočinku Schwarzenberků.
Přesné datování a rekonstrukce však vždy provázely otázky pohřebišť. V důsledku hygienických předpisů byla později potřeba nová hrobka mimo kostel, a tak rodina Jana Adolfa II. Schwarzenberka vybudovala novou hrobku nedaleko kostela, na místě bývalé bažantnice.
< p>Historie kostela je však plná zajímavých událostí. V noci z 5. na 6. listopadu 1848 došlo k zvláštní krádeži: odcizeny byly nejen bohoslužebné nádoby a rouch, ale i dva věžní zvony - jeden z roku 1625 kolem 300 liber, druhý z roku 1687 kolem 180 liber. Pachateli nebyli vypátráni. Podle místních vyprávění zůstaly zvony zakopány poblíž kostela a v 1878 existuje policejní protokol o tom, že pachatelé uprchli do Ameriky a vyprávěli v roce 1872 krajanovi v Minnesotě o ukradení zvonů.Současná situace ve věži kostela ukazuje na jiné zvony: dnes se tu nacházejí dva hladké zvony z litiny, bez ozdob a nápisů. Do kostela byly umístěny v roce 1867; zvony jsou dílem slévárny Bochumer Verein für Gußstahlfabrikation z Bochumu v Německu. Věžní zvony dnes znějí hlavními tóny, a jejich objem a hmotnosti jsou uvedeny v různých pramenech.

V 2. polovině 13. století byl původní kostel sv. Jiljí zřejmě postaven jako součást kláštera. Do roku 1368 do Třeboně přišli Augustiniáni, kteří začali s rekonstrukcí a přestavbou na klášterní kostel. Zápisy uvádějí i řadu požárů a rekonstrukcí, ale fresky a socha Třeboňské madony z budoucí doby přečkaly. Požár zničil interiér, avšak honosné fresky přečkaly a interiér byl nově řešen vídeňskými umělci Koeckem a Rottmayerem.
Mezi hlavní cennosti patří barokní varhany od Václava Patočky z dílny Patočků v Dačicích ze 30. a 40. let 18. století. V roce 2000 proběhl v kostele sondážní průzkum a následné práce. Katakombní prostory byly pod podlahou a členy rodu, jejichž ostatky nebyly nalezeny, se postupně přesunuly. Postupně byly provedeny další průzkumy v roce 2023 a 2025, během nichž byla odhalena původní podlaha a několik otvorů, které vedly k hrobovým místům.
Ve věži byly ztraceny zvony během 1848 a dnes se v kostele nalézají dva hladké zvony z litiny s minimální výzdobou, odlité v Bochumu. Původní zvony z roku 1625 a 1687 se nenacházejí, podle místních vyprávění jsou pohřbené poblíž kostela.
Revitalizace kostela a hřbitova sv. Jiljí je plánována s několika technickými opatřeními. Během rekonstrukce nebude možné pořádat akce ani smuteční obřady, na parkovišti bude staveniště a sklad materiálu a některé náhrobky blízké severní stěně budou dočasně posunuty. Předpokládané termíny a rozpočet uvedené v projektu zahrnují přesné termíny předání staveniště, výběr dodavatelů a celkové způsobilé výdaje.
Současně s textem vyvěšeným na webu a v tiskových materiálech si lze uvědomit, že kostel a hřbitov sv. Jiljí jsou součástí kulturního dědictví Třeboňska. Prohlídky s výkladem bývají organizovány a jsou velice oceňovány návštěvníky i místními obyvateli, kteří vyzdvihují znalosti a lidský přístup průvodců.

Klíčové momenty a jejich význam
- Renaissance s gotickými prvky ze 16. století, doba rozšíření chrámu a klenutí bez žeber.
- Freska z roku 1588 od Tobiáše Else znázorňující Viléma z Rožmberka a jeho manželky Kateřinu a Žofii.
- Oltáře z roku 1835 a jejich autorství: sochař Dimitrij Petrovič a malíř Karel Schaller.
- Hrob Schwarzenberků v okolí kostela a následná přestavba hrobky mimo kostel v důsledku hygienických pravidel.
- Zlodějské příběhy z roku 1848 a mýty o ukrytých zvonech, které provázejí místní tradice.
- Archivní a archeologické průzkumy v 21. století odhalují podlahu a rozvržení katakomb a hrobek pod kostelem.
- Revitalizace kostela a doprovodných objektů s ohledem na zachování historické hodnoty a návštěvnickou infrastrukturu.
Fresky a malířství - klíčové dílo renesance
Freska z roku 1588 od Tobiáše Else je vnímána jako významný doklad tehdejšího mecenášství Viléma z Rožmberka a jeho vlivu na rozvoj regionu. Nad křížovou klenbou je znázorněna renesanční malba Seslání Ducha Svatého, s holubicí ve středovém kruhu.
V mimořádně působivých oltářích z roku 1835 je zobrazen sv. Jiljí na hlavním oltáři a Panna Marie s sv. Václavovým motifem na vedlejších oltářích. Oltáře vytvořil sochař Dimitrij Petrovič a obrazy maloval Karel Schaller.
Archeologie a hřbitov - odhalení a průzkumy
V roce 2000 proběhl sondážní výzkum a identifikovány katakomby pod podlahou kostela s dřevěnými rakvemi a konstrukčním systémem. V roce 2023 proběhl další sondážní průzkum a v roce 2025 při revitalizaci byl proveden dodatečný průzkum. Po odstranění obvodové podlahy bylo objeveno několik otvorů vedoucích do hrobových míst.
Historie zvonů a jejich osudu zůstává součástí místního folkloru: původní dvě věžní zvony, ztracené v roce 1848, byly později nahrazeny novými zvony z litiny, odlitými ve Bochumu. Dnes mají podobu bez ozdob s nápisy jen v minimální podobě.
Praktické informace o současném stavu a budoucnosti
Revitalizace kostela a hřbitova sv. Jiljí zahrnuje technická opatření proti vlhkosti zdiva, přesun některých náhrobků a možné dočasné uzavření některých částí hřbitova z důvodu bezpečnosti. V období 1. 12. 2025 - 28. 2. 2026 může být k dispozici pouze omezený provoz; pro návštěvníky platí upozornění na dočasná omezení.
Návštěvy kostela bývají doprovázeny odborným výkladem a svědectvími návštěvníků o hluboké propojenosti s klášterními činnostmi a rožmberským dědictvím. Výklad bývá považován za jeden z nejpůsobivějších zážitků z návštěvy Třeboňska.