Naproti kostelu sv. Prokopa, na druhé straně řeky Otavy, stojí městský kostel sv. Markéty. Byl postaven na ostrově mezi hlavním a vedlejším ramenem řeky Otavy. Pohled na kostel sv. Markéty vlevo a kostel sv. Ačkoli o to měšťané vždy v minulosti usilovali, kostel sv. Datum vzniku kostela sv. Markéty není přesně znám. Je doložen špitál sv. Markéty, uvedený na listině z roku 1318. U špitálu nepochybně stávala špitální kaple zasvěcená sv. Markétě. Zakladatelem špitálu byl zřejmě pan Bavor III. Ve 14. století byl u špitálu zřízen hřbitov, užívaný až do 16. století. Od 16. stol. převzal všechny pohřby hřbitov u kostela sv. Přestože byl kostel sv. Markéty pod patronátem řádu johanitů, konaly se zde utrakvistické bohoslužby, a to až do doby pobělohorské. Velký počet utrakvistů ve městě a poměrný blahobyt na konci 16. století vedly k přestavbě kostela do dnešní velikosti. Kostel byl postaven ve stylu pozdní gotiky s četnými renesančními prvky. V roce 1585 byl zvonařem Mikuášem Prachatickým ulit nový zvon sv. Markéta se znakem města. Po dokončení stavby zde byl zrušen hřbitov. socha sv. Kostel býval vyzdoben renesančními sgrafity. Na kostelní věži bývala cibulovitá střecha s ochozem a světničkou pro ponocného.
- V podstatě od počátku trpěl kostel nejen častými záplavami, ale také závažnými statickými poruchami. S těmi se potýká dodnes.
- V roce 1995 musel být kostel dokonce kvůli havarijnímu stavu ze dne na den uzavřen. Roku 2006 byl po 11-ti letech kostel znovu otevřen.
- Žehnání zvonu: V r. 2018 byl pořízen zvon sv. Jan Nepomucký (ladění d2, hmotnost 209 kg, průměr 71 cm), který požehnal na svátek patrona zvonu 16. 5. 2019 českobudějovický biskup Mons. ThDr. Vlastimil Kročil, Ph.D.
- Odlití financovali mnozí dárci z farnosti jako připomínku výročí zázraku záchrany Rozálie Hodánkové (1718), který byl použit pro svatořečení sv. Jana Nepomuckého, a taktéž na památku ustanovení kostela sv. Markéty kostelem farním.
Text byl sestaven s využitím materiálů Ing. arch. Mgr. Bc.

Architektura a historické souvislosti
Kostel sv. Markéty vznikl jako stavba ve stylu pozdní gotiky s renesančními prvky, která byla postavena na ostrově mezi rameny řeky Otavy. Pozdně gotické prvky doplňují renesanční sgrafity, které bývaly na fasádách a v interiéru. Cibulovitá střecha s ochozem a světničkou pro ponocného byla jednou z typických prvků věžní výbavy.
Pod patronátem řádu johanitů zůstal kostel i přes utrakvistické bohoslužby, které se konaly až do pobělohorské epochy. V 16. století došlo k zřízení hřbitova u špitálu a poté k jeho přenesení na hřbitov u kostela sv. Marka.
Prodloužená historie a restrukturalizace
V 16. století, vlivem hospodářské pohody a masa utrakvistů ve městě, došlo k přestavbě kostela do současné podoby. Záplavy a statické poruchy provázely kostel po staletí a některé z nich vedly až k uzavření objektu v roce 1995. Po důkladné rekonstrukci a zajištění statiky byl kostel znovu otevřen v roce 2006.
Zvěcnění a vzpomínky
V roce 2018 byl pořízen zvon sv. Jan Nepomucký, který byl následně požehnán v roce 2019. Odlití zvonu podpořili dárci z farnosti, kteří si připomínali záchranu Rozálie Hodánkové v roce 1718 a také ustanovení kostela sv. Markéty jako farního.
| Událost | Rok | Poznámka |
|---|---|---|
| Datum doložení špitálu | 1318 | Špitál sv. Markéty uveden na listině |
| Vznik hřbitova | 14. století | U špitálu, později u kostela sv. Marka |
| Prestavba kostela | konec 16. století | Do dnešní velikosti |
| Uzavření kostela | 1995 | Havarijní stav |
| Znovu otevřen | 2006 | Po rekonstrukci |
| Zvon sv. Jan Nepomucký | 2018 | Požehnán 2019 |
Žehnání zvonu proběhlo 16. května 2019 ve slavnostech svatého patrona zvonu, kterého se zúčastnil biskup Mons. ThDr. Vlastimil Kročil. Odlití zvonu bylo financováno dárci z farnosti jako památka zázraku a zároveň jako připomínka ustanovení kostela sv. Markéty kostelem farním.