Monumentální trojlodní kostel byl postaven na místě románského kostela ve 14. století a patří k nejvýznamnějším gotickým památkám Starého Města. Monumentální trojlodní kostel byl postaven na místě románského kostela biskupem Janem IV. z Dražic a poté arcibiskupem Arnoštem z Pardubic ve 14. století. K vysvětí nového kostela došlo 13. května 1371 arcibiskupem Janem Očkem z Vlašimi. Interiér kostela prošel barokní úpravou, která započala v roce 1731 a byla realizována stavitelem Ferdinandem Špačkem a architektem Františkem Maxmiliánem Kaňkou.
Venkovní ráz kostela je gotický, v západní části dominují dvě věže. Vyšší věž měří 58,5 m, nižší 43,5 m. Na jižní straně se zachoval původní gotický portál, který byl při barokní úpravě překryt a v roce 1968 znovu odhalen. Interiér je na rozdíl od venkovní gotické architektury barokní. Fresková výzdoba interiéru pochází od Václava Vavřince Reinera, jednoho z nejvýraznějších malířů českého baroka, a jeho ostatky jsou uloženy v kostele. Štukovou výzdobu provedl Bernardo Spinetti a hlavní dřevěný oltář vytvořil František Ignác Weiss. Oltářní obraz zobrazuje Založení dominikánského řádu a vznik kláštera.
Sv. Jiljí je římskokatolický farní kostel a zároveň konventní kostel Řádu bratří kazatelů - dominikánů, který sídlí v přilehlém klášteře. Kostel je také vyhledávaným prostorem pro zážitkové koncerty vážné hudby. Při kostele působí také Polská římskokatolická farnost. Štukovou výzdobu doplňují řezbářská díla, například čtyři zpovědnice od Richarda J. Prachnera a varhany z roku 1773, jejichž sochařským dílem je František Ignác Weiss.
V době husitských nepokojů kostel připadl utrakvistické církvi. V roce 1364 zde začal kázat český kazatel Jan Milíč z Kroměříže. V 16. století prošel interiér barokní úpravou, která mu dodala konečnou podobu v dnešní podobě. Fresková výzdoba interiéru pochází od Václava Vavřince Reinera, který je považován za jednoho z nejvýznamnějších malířů českého baroka. Jeho ostatky jsou uloženy zde v kostele.
Oltářní obraz Založení dominikánského řádu je od Antonína Stevense. V kostele jsou k vidění překrásné řezbářské práce. Sv. Jiljí je uctíván jako patron myslivců, lovců, pastevců, žebráků, invalidů a kojících žen. Je vzýván při manželské neplodnosti, v pokušení a proti falešnému studu při sv. zpovědi. Je i patronem Korutan, Štýrska a Třeboně. Narodil se v Aténách kolem roku 640 bohatým a uznávaným měšťanům Theodorovi a Paladidě, kteří mu poskytli vzdělání křesťanské. Když jeho rodiče zemřeli, byl Jiljí ještě mladý. Dědictvím nabytý majetek prodal a všechny utržené peníze rozdal chudým a potřebným lidem.
Legenda vypráví, že laň každodenně navštěvovala Jiljího v jeskyni a živila ho svým mlékem. Král ho při honu zranil šípem do nohy, laň ho chránila a král nechal vybudovat klášter sv. Gilles, který se stal poutním místem středověku. Svatý Jiljí se stal patronem invalidů a býval vzýván k uzdravení; bylo mu zasvěceno mnoho nemocnic. Zemřel cca v roce 725. Ostatky sv. Jiljího se dostaly i do naší země, a to do svatovítského chrámu v Praze. Důkazem uctívání Svatého Jiljího na našem území jsou stavby zasvěcené právě Svatému Jiljímu, jako je kostel sv. Jiljí na Starém Městě v Praze, jehož původ se datuje k roku 1210 a který nyní slouží jako chrám dominikánů.
Další pamětihodnosti kostela zahrnují malířskou a sochařskou výzdobu, která odráží bohatou historii místa, a jeho roli jako centra hudebního a duchovního života Starého Města. Kostel se stal významným poutním místem a místem pro konání významných liturgických a kulturních akcí. Nový převor byl zvolen a přijal 8. 3. 2026. Provincíální kapitula a volby provinciálů jsou ozvláštěny modlitbou a duchovním doprovodem komunity.
Na začátku 80. let 20. století se kostel stal centrem koncertní činnosti díky své vynikající akustice a reverberaci, která přitahuje návštěvníky i hudebníky z celého regionu. Dlouhá historie a bohatá výzdoba kostela Sv. Jiljí tak představují jedinečné propojení gotiky, baroka a současného duchovního a kulturního života v srdci Prahy.
Celkově je svatý Jiljí nejen architektonickým skvostem, ale i živým propojením historie a současnosti: od zrodu kostela v 14. století až po jeho dnešní roli místa pro modlitbu, studium i koncerty vážné hudby.