Varhany, které se nacházejí v kapitulním kostele Všech svatých, vytvořil r. 1726 Johann Leopold Burkhardt podle návrhu Jana Blažeje Santiniho-Aichela ve stylu barokní gotiky. Varhany se staly součástí výbavy kapitulního kostela Všech svatých pravděpodobně nejpozději s jeho gotickou přestavbou v první polovině 14. století. Nicméně v dostupné literatuře jsou zmínky o varhanním nástroji spojovány až s renesanční obnovou kostela po požáru Pražského hradu mezi lety 1579-1580.
Stavitel Ulrico Aostalli de Sala, který obnovu vedl, nechal prodloužit původní požárem zničený gotický chór až ke stěně Královského paláce a zároveň zde nechal zbudovat varhanní kruchtу podepřenou masivním sloupem. O existenci těchto varhan se dozvídáme jen z velmi stručné poznámky až v souvislosti s konáním Většího zemského soudu, který r. 1598 obnovil obyčej přijímní přísah v kostele Všech svatých. Tehdy totiž došlo k proražení vchodu mezi Vladislavským sálem a kruchtou kostela, aby účastníci soudu nemuseli pro složení přísahy opouštět Královský palác a vstupovat do kostela zvenčí.
Aby zde prostor nebyl pro přítomnost varhan příliš stísněný, byl nástroj přesunut na boční stranu kostela na tzv. Tuto stavební úpravu připomíná i nápisová deska umístěná přímo v kostele Všech svatých. Na ní se mj. Královská kaple byla pro přijímání přísah využívána až do r. 1783, kdy došlo k reformě soudnictví a Větší zemský soud byl zrušen. Právě v tomto roce se kapitulním děkanem stal Václav Vojtěch Herites, který podle Václava Bartůňka získal pro kapitulní kostel varhany lepší z blíže neurčeného zrušeného kláštera. Další varhany byly pro kapitulní kostel pořízeny až v r. 1914.
Zakázku vyhotovila firma Gebrüder Rieger (Bratři Riegrovi) z Krnova. Tyto varhany jsou zachyceny na dobové fotografii, na které je patrná ještě novorenesanční výmalba kostela z přelomu 19. a 20. století. V současné době můžeme obdivovat varhany, které byly do kapitulního kostela přeneseny z kostela Nejsvětější Trojice ve Skapcích někdy mezi lety 1965 a 1969.
Na návrh Jana Blažeje Santiniho-Aichela (1677-1723) je v barokně-gotickém stylu zhotovil r. 1726 varhanář Johann Leopold Burkhardt (1673-1741). Varhany byly původně umístěny v Kladrubském klášteře, ale po jeho zrušení byly uprázdněná kruchta kostela Nejsvětější Trojice ve Skapcích. V 60. letech 20. století se kostel nacházel v dezolátním stavu a scházely finanční prostředky k opravě. Bylo proto rozhodnuto alespoň o záchraně cenných varhan. O jejich přenesení do kapitulního kostela a o opravu se postaral chrastavský varhanář Pavel Žur.
Kostel Nejsvětější Trojice ve Skapcích však zůstal s varhanním nástrojem neprovedený výměnou. Podle dohody měl výměnou získat původní varhany vytvořené pro kapitulní kostel firmou Bratří Riegrů, nicméně k výměně už nikdy nedošlo. Varhany byly sice rozebrány a odvozeny z Pražského hradu do Plzeňského kraje, ale na místo svého nového určení už nebyly nikdy přivezeny a nebylo možné dohledat žádný záznam o jejich uložení.
Pod dohledem literatury a archivních záznamů se zmiňuje několik klíčových prací: Stručné dějiny kollegiátní kapituly a královské kaple Všech svatých na Pražském hradě; Kladruby v pohledu devíti století; Pražské varhany; Umělecké památky Čech; Historické varhany v Čechách; Umělecké památky Prahy: Pražský hrad a Hradčany. Varhany Bratří Riegrů.
Historie dále popisuje, že uprázdněná kruchta kostela Nejsvětější Trojice ve Skapcích uvolnila místo pro varhany, ale jejich přesun proběhl jen do určité míry. Nástroj byl původně kapitulními varhanami a v souvislosti s druhou světovou válkou došlo k jejich barbarské devastaci; píšťaly byly rozstříleny po celé Valticích a uvnitř skříně nalezeny kulky. Po válce bylo rozhodnuto o rekonstrukci; podle svědectví pamětníků a podle hodnoty nástroje byla zrekonstruována kompaktní řada píšťal.
V dnešní době se varhany používají k doprovodu svatebních obřadů a koncertů, zejména cyklu Henckeovy barokní varhany a Barokní slavnosti Festa Teatrale. Při rekonstrukci v 90. letech 20. století byl nástroj rekonstruován a doplněn o nové píšťaly dnes díky finanční podpoře Nadace Památky jižní Moravy a daru společnosti Rockwell Aerospace.

Varhany 4. týden
Technické detaily a původní složení
Varhany jsou jedinečným případem malých kapesních varhan s pedálem a osmi rejstříky, postavených ve stylu barokní gotiky. Jsou umístěny uprostřed kůru v jedné skříni těsně přiléhající zepředu k zábradlí a ze shora ke stropu kaple. Nástroj má lomené velké oktávy manuálu i pedálu (dvojité půltónové klávesy), což bylo na Moravě poprvé, jak uvádí Jiří Sehnal. Pedálnice má rozsah jen do malého e a lze ji obsluhovat levou nohou, zatímco pravá noha může být položena na podlahovou desku.
Vzduchové hospodářství je umístěno na kůru a tvoří ho jeden nový klínový měch a elektrický ventilátor. Vzduchová traktura je plně mechanická a klaviatura manuálu má inverzní barevnost. Rejstříky se ovládají manubrii a nad nimi je páka ripieno. Tóny pedálové klaviatury zahrnují C, D/Fis, G, E/Gis, A, Hes, H, c, cis, d, dis, e. Skříň nástroje má jemné intarzie, zlacené prvky a dva vyřezávané andělíčky. Po conzervaci v 90. letech došlo k doplnění kovových píšťal a k celkové rekonstrukci, aby nástroj mohl plně plnit svůj prostor.
K historii patří i původní koncepce: původně v Kladrubském klášteře, později v Pražském hradě a v dalších částech Moravy. Dochované záznamy uvádějí, že 6. století a doba gotické i renesanční období formovaly výstavbu i umístění nástroje. Záznamy z posledních desetiletí 20. století potvrzují, že varhany byly do kapitulního kostela přeneseny mezi lety 1965 a 1969 a od té doby zde slouží pro hudební doprovod a koncerty.
Současné využití a význam
Varhany v kapitulním kostele se používají k doprovodu svatebních obřadů a různých hudebních akcí, jako jsou cykly barokních koncertů a slavností. Díky své unikátní konstrukci a historii představují důležitý důkaz kontinuity sakrálního hudebního dědictví v Čechách a Moravě. Díky rekonstrukcím a finanční podpoře muzeí a nadací zůstávají tyto varhany živým exponátem, který propojuje renesanci, baroko a současnost.