Jezuité přišli do dnešního krajského města Vysočiny v roce 1625. K tomu, aby se ve městě postavil kostel, vyčlenila městská rada třiadvacet měšťanských domů. První mše se v nově postaveném kostele konala roku 1689. Za dalších patnáct let bylo vyzdviženo celé průčelní křídlo, definitivní podobu ale dostal chrám až v roce 1725, kdy byly věže opatřeny barokními báněmi.
O pramenech a cyklu prací svědčí i skutečnost, že kostel patřil k rozsáhlému jezuitskému komplexu; samotný areál zahrnoval kolej, seminář a gymnázium. V průběhu času byl součástí tohoto komplexu také bývalý jezuitský gymnázium, dnes sloužící jako knihovna a vstup do jihlavského podzemí. Raně barokní kostel byl původně součástí bývalé jezuitské koleje, která údajně patřila k třetím největším jezuitským komplexům v Evropě.
Jádro jednolodního kostela s bočními kaplemi postavili v letech 1665-71 architekt Carlo Lurago a v letech 1671-78 v jeho stavbě pokračoval Martin Reiner. Průčelí chrámu zdobí socha sv. Ignáce obklopená svatozáří, tzv. mandorlou. Portikus s balustrádou a věž z let 1697-99 je od Pavla Ignáce Bayera. Interiér upoutá monumentálním vítězným obloukem mezi lodí a kněžištěm a bohatá štuková výzdoba je pravděpodobně od Tomassa Soldatiho. Barokní hlavní oltář zdobí obraz Sv. Ignác vstupuje do slávy nebeské od J. J.
Chrám byl dožil zrušením jezuitů v roce 1773 a poté znovu náležel obnovenému řádu jezuitů v letech 1886-1950. Před továrními zásahy a rekonstrukcemi zůstává jedinečná i socha Přemyslovského kříže ze začátku 14. století, která byla původně pýchou kostela, a dnes je umístěna v depozitáři Strahovského kláštera v Praze. Návštěvníky zaujme i rozsáhlá stropní freska z roku 1717, která zobrazuje adoraci jména Božího, jež vznikla dílem vysočinského malíře Karla Františka Teppera.
V průčelí kostela lze spatřit tři portály, jejichž realizace je spojena s dílem Kiliána Ignáce Dienzenhofera. Dřívější iluzivní oltář a gotická plastika ze 14. století s názvem Pieta svědčí o historické vrstvenosti zdejších výtvarných artefaktů. Těžiště plastiky a sochařské výzdoby představují díla Matěje Václava Jäckela a dalších autorů, jejichž práce jsou známy mimo jiné z Karlova mostu. Na spáleništi 12 domů pod Černou věží byla v letech 1675-1679 a 1689-1717 postavena jezuitská kolej.
Za významnou součástí areálu stojí i samotná fasáda a její architektonické detaily. Jedna z kuriozit průčelí - svatozář kolem postavy svatého Ignáce - byla v tehdejším kontextu chápána jako značně pobuřující. Na malířské výzdobě se podíleli i další umělci, například Jan Jiří Heintsch, a na sochařské výzdobě Matěj Václav Jäckel, známý mimo jiné z Karlova mostu. Důležitou náležitostí je i nápis na tympanonu, který obsahuje chronogram a odkaz na významné datumy chrámecké historie.
V rámci dějin jezuitského řádu stojí za zmínku, že po zrušení řádu v roce 1773 byla kolej přeměněna na kasárna a později znovu v roce 1886-1950 náležela obnovenému řádu jezuitů. Kostel svatého Ignáce z Loyoly je barokní perlou Jihlavy a byl postaven v letech 1683-1689 italským stavitelem Jacopo Brascha. Rozměrnou nástropní fresku namaloval v roce 1717 Karel Töpper, zajímavý iluční oltář je dílem Adama Lauterera, Josefa Kramolina a Františka Moldingera. V roce 1689 byl kostel dokončen a dostavěn v rozsáhlejším konventu, který zahrnoval kolej, seminář a jezuitské gymnázium.
Stavěl jej Tobias Gebler podle známého vzoru Il Gesù, hlavní římský jezuitký chrám. Na průčelí si všimněte sochy sv. Ignáce a zvláštního vzezření svatozáře, která tehdy zatajovala proporce sochy. Podle dochovaných záznamů byla zřejmě i působivá stropní výzdoba a hlavní oltář s vertikální kompozicí, která vyzdvihuje nadčasové téma božského slavení. Dnes je areál včetně bývalé koleje a gymnázia součástí městského kulturního života a slouží jako fakultní nemocnice.
V dochované tradici je též zmínka o dalších sakrálních památkách v regionu, jako jsou různé kostely a farní kostely v Telči, Jihlavě a okolí; v Jihlavě, např. farní kostel sv. Ignáce a jeho okolí, zůstává jedním z důležitých bodů pro milovníky renesanční a raně barokní architektury. Dolní část města a okolních obcí svědčí o bohaté historii jezuitů a jejich kulturních aktivit a ovlivnění regionálního školství a kultury. Části areálu, včetně bývalé koleje a gymnázia, byly v průběhu dějin adaptovány pro jiné účely, dnes však návštěvníky láká bohatá výzdoba a historické detaily interiérů, které zachovávají původní charakter raného baroka.
Raně barokní kostel sv. Ignáce z Loyoly je často označován za jednu z nejvýznamnějších staveb v Jihlavě a je považován za výrazný příklad raně barokní architektury z konce 17. století, který po staletí formoval vzhled jihočeského i vysočinského kulturního krajinného kontextu.
