V dialogu s generacemi pražské architektury zůstává významným stavebním i duchovním symbolem chrám svatého Jana Nepomuckého na Skalce. V jeho výstavbě a ikonickém řešení se odráží klíčové momenty kariéry Kiliána Ignáce Dientzenhofera, který po smrti otce Kryštofa Dientzenhofera převzal vedení prací a získal reputaci jednoho z nejvýznamnějších barokních architektů střední Evropy. Počátek stavby se datuje do roku 1720, kdy byl položen základní kámen a zahájena výstavba nového kostela, jenž měl nahradit dosavadní kapli sv. Anny a být zasvěcen sv. Janu Nepomuckému. Zpočátku práci vedl Kryštof Dientzenhofer, avšak po jeho smrti v roce 1722 ji převzal syn Kilián Ignác, čímž vznikla jeho první sakrální stavba.
Samotný chrám na Skalce se stal jedním z vrcholů Dientzenhoferovy tvorby a byl dokončen v roce 1728, rok před kanonizací sv. Jana Nepomuckého. V rámci projektu se prosadilo několik významných architektonických prvků, včetně kupole a řešení kněžiště, které získává typickou bohatou barokní kompozici. Kostelův průčelní portál a interiérové řešení vychází z díla J. L. Hildebrandta a jeho kolize s místními podmínkami, což vedlo k využití principů centrálního půdorysu s kupolí opřené o duté pilíře. V tomto období se Dientzenhofer prosazuje jako autor, který dokázal sladit architektonický typ s konkrétní polohou a potřebami fundátorů.
Nároží kolem Pražského Nového Města a Hradčan se stávají svědky Dientzenhoferova rukopisu, který se neomezuje jen na sakrální stavby; jeho dílo zahrnuje také kulisy měšťanských domů, hospod a pivovarů. V kostele sv. Mikuláše na Malé Straně a v dalších pražských projektech jeho styl utváří charakter celého období. Předpokládaný rozmach architektury svěřené šlechtě a klášterním řádům se v Praze promítá do rozvolněné sítě staveb, mezi nimiž má Skalka své pevné místo jako centrální sakrální celek s výraznou kupolí a bohatou výzdobou. Kostel je vynikajícím příkladem harmonické souhry architektury a liturgického prostoru.
Interiéry a oltářní respektive mobiliární prvky navazují na předlohy a díla dalších mistrů. Oltář sv. Nepomuckého nese obraz Zajetí sv. Jana Nepomuckého od Jana Kryštofa Lišky a nad ním se vznáší soška andílka. Představuje to spojení freskování, sochařství a barokní symboliky, kterou Dientzenhofer adaptoval pro své chrámové prostředí. Přestože v 18. století klášter Voršilky čelil finančním problémům a záznamy ukazují na opakované výpalné, samotný kostel na Skalce zůstal v popředí stavebních aktivit a stal se důležitou součástí pražského baroka.
Po kanonizaci sv. Jana Nepomuckého v roce 1729 získal kostel na Skalce význam i v širším kontextu církevního života. Stavba byla dokončena v období, kdy se vyvíjelo liturgické a architektonické pojetí sakrálních děl, a Dientzenhofer se v těchto letech objevuje jako hlavní autor pražského sakrálního prostoru. V té době se také dokončovalo další klášterní a církevní vybavení v rámci širší architektonické sítě, která zahrnuje i kostely a prelatury v okolí.
Současnost Kostela sv. Jana Nepomuckého na Skalce je v rukou vojenské duchovní služby; od roku 2001 je používán armádou pro potřeby Duchovní služby Armády České republiky a stal se centrem pro vojenské obřady, křty, svatby a pohřby. V 70. letech 20. století byl doplněn oltář a ambon podle návrhu sochaře Karla Stádníka a v roce 2004 se stal součástí prostoru pro komunitu Kříže z hřebů. Kostel se tak stal nejen kulturním a architektonickým fenoménem, ale i významným místem pro vojenskou i širší veřejnost, stejně jako pro připomínání národních a církevních oslav, např. Dne veteránů.
Architektonický profil kostela je charakterizován oválným půdorysem orientovaným na západ, s výraznou věží, která dominuje průčelí. Klenba je pokryta českou plackou a výzdobu dotváří monumentální iluzivní freska od Václava Vavřince Reinera, zobrazující rozsáhlý cyklus z životů a zázraků sv. Jana Nepomuckého. Po stránce materiální zůstává dílo Kiliána Ignáce Dientzenhofera v silném spojení s dílem jeho otce a s díly J. L. Hildebrandta, což ukazuje na kontinuitu rodinného architektonického tradování a na přínos rodiny Dientzenhoferů pro pražský barokní chrámový орtál.
V současnosti je kostel opět součástí veřejného a vojenského života - rektor kostela bývá jeden z vojenských kaplanů a chrám slouží jako místo pro významné momenty v životě jednotlivců i rodin, ale i pro ceremoniální příležitosti celé armády a široké veřejnosti. Kromě liturgických slavností se zde konají kulturní akce a připomenutí historických událostí, které propojují architekturu, historii a současný veřejný život.

Klíčové etapy a dílo Dientzenhofera na Skalce
- položení základního kamene a počátek výstavby (20. října 1720)
- převzetí řízení stavby Kiliánem Ignácem Dientzenhoferem (1722)
- dokončení stavby kostela (1728)
- ozdobení kupole a kněžiště, zohlednění iluzivní malby
- zasazení hlavního oltáře s Zajetím sv. Jana Nepomuckého a ikonickým andělíčkem
- postavení kláštera Voršilek a jeho propojení s novým kostelem
Kostel na Skalce zůstává významným příkladem barokní architektury v Praze a reprezentuje střetnutí dvořských a řeholních požadavků s městským kontextem.