Farní kostel byl pravděpodobně budován krátce po založení města, takže nejstarší zdivo dosud zachované pochází z konce XIII. století. Jsou to zbytky křížové lodi. Kostel byl pravděpodobně zbudován jako basilikální stavba s vysokou hlavní lodí a nižšími dvěma vedlejšími loděmi. Na původní presbytář bezprostředně navazovala loď křížová, která byla situována ve směru sever-jih. Počátkem XV. století byla prodloužena podélná osa kostela o 10 m vybudování nového kněžiště a vybudováním nové křížové lodì, takže původní křížová loď byla od kněžiště oddělena a při další přestavbě byla přeměněna v postranní kaple.
Výstavbou nové křížové lodì vznikl síňový prostor (v českém stavitelství té doby dost i vzácný) s dvojicí křížových kleneb vytvořený netradičně v duchu P. Parléře. Pravděpodobným autorem klenby nového kněžiště byl Linhart z Alenberku, autor klenby kostela v Českém Krumlově. Podle názoru odborníků je nové kněstiště s novou křížovou lodí po stránce umělecké nejcennější částí kostela.
Když r. 1550 spadl krov a s ním i strop hlavní lodi, provedl opravu tehdejší městský stavitel mistr Antonín, který v té době také stavěl Černou věž. Při této opravě zaklenul kostel v pozdně gotickém duchu křížovou klenbou. Kromě pozdější přístavby kaple zvané Oliveta při jižní části kostela zůstal vnější tvar chrámu až do přestavby v letech 1898 až 1908 beze změny.
Uvnitř kostela pak bylo v r. 1760 upraveno původní zdivo křížové lidi na dvě postranní kaple. Podstatné stavební zásahy provedl v letech 1898-1908 architekt Josef Fanta, který se snažil při způsobit vnější vzhled kostela stavbu zobrazenou na Willenbergově obraze města z roku 1602, přitom však obohatil vnější vzezření mnohými novogotickými prvky, zejména na západním průčelí, jehož úprava je dílem sochaře Čeňka Vosmíka. Při této úpravě byl odstraněn i ranně barokní portál z roku 1687 s reliéfem Klatovské Panny Marie.
Obraz Matky Boží, která chová na klíně malého Ježíše, má původ v severní Itálii nedaleko jezera Lago Maggiore v údolí Vegezzo. Je to kopie obrazu z temnějšího kostelíku v městečku Re, kterou přinesl s sebou do Klatov italský kominík Ricolt i kolem r.1650. Obraz zdědil krejčí Ondřej Hiršberger, kominíkův zeť. Bydlel s rodinou v domku na místě dnešní kaple „Chaloupky“, když 8. 7. 1685 obraz začal na čele Matky Boží krvácet. Rozbor krve na obraze, který byl proveden v r. 1985, se shoduje s krví, která se objevila na originálu obrazu v Re r. 1494 a dosud je tam uchovávána a její ž rozbor provedl prof. Judica Cordiglia z Turina v r.1962. Jednoznačně bylo prokázáno, že se jedná o lidskou krev skupiny AB.
Vnitřní vybavení kostela prošlo několika změnami. Byl vybudován nový hlavní oltář s velkým baldachýnem pro mariánský obraz, dále dva ranně barokní oltáře v postranních kaplích a kazatelna, které se pro její umělecké provedení nemůže rovnat žádná jiná v jihozápadních Čechách. Všechny tyto dřevořezby pocházejí z dílny „pražského sochaře“, pravděpodobně M. V. Jaeckela. Malby na stěnách jsou přemalby původních gotických maleb, jednak nové malby M. Matouše z roku 1902. Malby na skle oken byly provedeny podle návrhů K. Žel.
Klíčové objevy a detaily z dávné minulosti kostela se protínají s pozdější historií samotného města. Děkanský Kostel Narození Panny Marie byl založen zřejmě již v době založení města (Přemysl Otakar II., 1260). Nejstarší zdivo kostela pochází střední části lodi je ze 13. století, ve 14. a 15. století přibyl chór, klenba, empora a boční portály jsou pak z let 1550-60 a části oken. Průčelí kostela dostalo barokní úpravu v r. 1692. Výzdoba interiéru je většinou barokní, v lodi se najdou malby z 15. století, křtitelnice z r. 1526. Barokní obrazy jsou od Ignáce Raaba a J. Riese. Oltář nese obraz Panny Marie Klatovské, která prý ronila krev a měla uzdravující moc.
K areálu kostela patří samostatná Bílá věž, která byla původně vstupní branou na hřbitov, který kostel obklopoval. Věž stojí na místě původní zvonice, která zanikla po požáru r. 1689. Na rekonstrukci počátkem 20. století se podílel architekt Fanta (Wilsonovo nádraží v Praze).
Turistická oblast Pošumaví zahrnuje rozsáhlé území šumavských podhůří a svou částí zasahuje i do CHKO a NP Šumava. Dnes mohou návštěvníci Pošumaví prozkoumávat tento region s digitálním audio průvodcem v podobě mobilní aplikace SmartGuide. Klatovy leží v Západních Čechách, jižním směrem od Plzně, a jsou známé pěstováním klatovských karafiátů. Kolem západního okraje města protéká řeka Úhlava.
Farní kostel a Bílá věž tak tvoří jednu z nejvýznamnějších turistických ikon města, která nadále láká návštěvníky a badatele na putování historií a uměním středoevropského prostoru.
Procházky po Hradci Králové a Bílá věž – tip na víkend
V areálu města najdeme také renesanční dvorek ve Vídeňské ulici, renesanční lékárnu a další památky, které spolu s kostelem vytvářejí bohatý obraz klatovské kultury. Renesanční dům s sgrafitovou výzdobou, první písemná zmínka o založení města a další historické detaily se prolínají s architekturou 17.-18. století, kdy vznikaly barokní a později novogotické prvky, zřetelně patrné na západním průčelí kostela a na okolních stavbách.
Navštěvníkům se doporučuje prozkoumat i barokní lékárnu, která patří k Vlastivědnému muzeu Dr. Hostaše a která byla do roku 1966 provozována jako běžná lékárna; název lékárny vychází z bílého rohu mořského narvala, který visí uvnitř nad vchodem. Po prohlídce centra města stojí za to vyjít na náměstí a podívat se na památky kolem něj, včetně křižovatky ulic Plánická a Krameriova a renesančního dvorku v Vídeňské ulici.
Pro praktickou orientaci a zkvalitněné prožitky turistiky je možné využít digitální průvodce, který rozšiřuje tradiční poznávání o moderní způsob poznávání města a jeho památek. Dnes tak mohou návštěvníci Pošumaví prozkoumávat klatovské památky a Bílou věž s novým pohledem na historii a architekturu regionu.